Yo no entiendo mucho del tema de firmado y certificación, pero en la documentación del módulo se indica que se puede utilizar un certificado externo X509.
Yo mandaría un correo al autor (Chris Andrews).
Quiero decir...
XML::Sig es de Byrne Reese, del año 2009, mientras que XML::Sig dentro del paquete
http://search.cpan.org/dist/Net-SAML2/ es de Chris, con fecha de este año.
Se llaman igual, y, aparentemente, son el mismo, pero la versión de Chris parece que tiene soporte para X509 a partir de un certificado externo.
http://search.cpan.org/~chrisa/Net-SAML ... XML/Sig.pm