Hola.

Tengo un problema porque tengo un archivo scan.htm que escanea puertos por medio de un archivo llamado port.cgi pero el problema surge cuando lo subo al server FTP, lo ejecuto y se lee el archivo cgi como texto.

Viendo un manual en Internet dijeron algo de ponerle atributos de ejecución pero en mi cuenta Lycos no dice nada de eso...

¿Alguien me explica cómo resuelvo mi problema?

Según el manual de Lycos, debes dejar los programas dentro de la carpeta cgi-bin.

En cuanto a los permisos de ejecución, esa facilidad te la puede dar el programa FTP que estés usando. Pulsa con el botón derecho sobre el fichero y selecciona alguna opción que se llame permisos (o algo parecido).

Yo suelo usar FTP Commander pero no tiene esa opción.
¿Me podría recomendar algún cliente FTP que la tenga?

Filezilla, FireFTP (para Firefox).