Hice un script para hacer consultas a MySQL, en cada consulta se pregunta en mi caso por una proteína distinta y el identificador de cada proteína lo toma de un archivo que contiene una lista de identificadores. Este es el script:
#!/usr/bin/perl
use DBI;
use DBD::mysql;
#Mis variables de configuración
$host = "mi_host";
$port = "3306";
$database = "pfam";
$user = "mi_usuario" ;
$pw = "mi_paswd" ;
#Perl mysql connect ()
$dsn="DBI:mysql:$database:$host:$port";
$db=DBI->connect($dsn, $user, ...