Bien ya con la data que me dieron pude leer los archivos que tiene el contenido que necesito reemplazar, ponerlos en un array y listar los archivos sin repetir, lo que tengo es algo así:
#!/usr/bin/perl
#Mando en un array el listado de los archivos que tienen la cadena que busco
#desde la shell de linux le paso la variable $1
my @array=`grep -Re "esto-es-lo-que-busco" $1`;
#Pongo solo los resultados unicos en un nuevo array ...