Hola perleros. Tengo un problema de rendimiento. El script hace lo que yo quiero, pero en un tiempo inadmisible.
Aquí os muestro el problema.
Tengo dos archivos (indico los saltos de línea con \n):
File1:
1071711 88215 CCATAATTCGCAAAACAAACTCCTTCATTTCCAGACATGTATCTTTACCTCTCCTTATTCTCGCTTTCTGTACTACTTGTTATGCTGGCATATCGTTACCGCGCCGCCGTCGTACCGCACATCCCAGCCCGCGTGCGA... CCATAATTCGCAAAACAAACTCCTTCATTTCCAGACATGTATCTTTACCTCTCCTTATTCTCGCTTTCTGTACTACTTGTTATGCTGACATATCGTTACCGCGCCGCCGTCGTACCGCACATCCCAGCCCGCGTGCGAGC... 609 609 scaffold_06 1563627 1564396 + 769 chr8 722778 723547 - 769\n
1108185 59382 ATGGCCTTCGATCTGCCGCCTTTACGGATTGCTCTGTACTTTACTTTGGGCTTATTCTCGTTCATACTCTTCTGTCTCAGCGCAGCGAGGATACACTACACAACCCATCTCCCTGCGGGCGATCCTCTGAATGGGGGGCAC... ATGGCCTTCGATCTGCCGCCTCTGCGGATTGCTCTGTATTTTACTTTGGGCTTATTTTCGTTCATACTCTTCTGTCTCAGCGCAGCGAGGATACACTACACAACCCATCTCCCTGCGGGCGATCCTCTGAATGGGGGGCAC... 567 567 scaffold_09 447625 448516 + 891 chr7 466963 467854 + 891\n
1074848 85420 ATGCAAGCACATCTAATTTCGGGCACATCTTATTGGGGTCAGAATTCCTATGGAGCTACTCATTCCGATGTCGCGAACTTCCAGAAACCAATATCCTTCTACTGCCAGGACGATTCCATCGATGTATTTCCTATCTCGTTCT... ATGCAAGAACATCTAATTTCGGGCACATCTTATTGTGGTCAGAATTCCTATGGAGCTACTCATTCCGATGTCGCGAACTTCCAGAAACCAATATCCTTCTACTGCCAGGACGATTCCATCGATGTATTTCCTATCTCGTTCT... 1179 1179 scaffold_03 1744446 ...