Foro - Perl en Español

Con la función index() lo tienes resuelto. Ya lo hemos comentado en otros hilos:

• Cómo contar y buscar cadenas en secuencias nucleótidas
• Separar y contar ocurrencias de una cadena

Hola,

Tengo un archivo de alineamiento en formato SAM que tiene un encabezado y una sucesión de líneas con varios campos, os muestro un trozo:

@HD VN:1.0 GO:none SO:coordinate
@SQ SN:APB LN:360
@RG ID:I245 SM:Sample_Mult_1
@PG ID:AA PN:DataAnalyzer VN:2.6
@CO Sequencing System.
APB 0 APB 42 255 41H23M1P6M1P4M1P5M1P6M1P6M1P12M1P5M1P2M1P15M1P2M1P59M1P23M1P2M1P2M1P2M1P7 * 0 0 AGCTTAGCTTGGAAAGCCTCACCTCTTACTTTTCCATTGAGTCATCTACCAAAGGA * MD:Z:319 NM:i:0
HEWCEEE01A0C7I 0 APOBex26_M13 42 255 41H23M1P6M1P4M1P5M1P6M1P6M1P12M1P5M1P2M1P15M1P2M1P59M1P23M1P2M1P2M1P2M1P7M1P * 0 0 AGCTTAGCTTGGAAAGCCTCACCTCTTACTTTTCCATTGAGTCATCTACCAAAGGAGATGTCAAGGGTTCGGTTC * MD:Z:319 NM:i:0
HEWCEEE01A2AQM 0 APOBex26_M13 42 255 41H23M1P6M1P4M1P5M1P6M1P6M1P12M1P5M1P2M1P15M1P ...

Hola,
quisiera hacer un script en Perl que me permitiera descargar los genes de Neandertal y Homo Sapiens de Gene Onthology con sus coordenadas en un documento en el escritorio.

Estimados,

Estoy analizando alrededor de 3500 proteínas y me doy con la sorpresa de que algunas proteínas empiezan con otro AMINOÁCIDO (verde) que no es METIONINA (rojo), por ejemplo:

>gen_1
MEDGFGGLDLGK0VERVVERVMVEVVMFIG......

>gen_2
GVBFPDBFBDFBMFDOBDFBBDFBFB......

Entonces, para analizar las que no comienzan con M, traté de modificar algunos scripts en Perl, que se encargan de extraer secuencias, pero sin éxito. Os agradecería que me des una mano en este problema, como verás no tengo 10 secuencias sino ...

Hola a todos,

Estoy investigando cómo agregar nuevos Glyph para crear mis propios dibujos. He modificado los Glyph existentes pero no quisiera eliminar los dibujos predefinidos. Espero que alguien me pueda orientar para poder agregar nuevos Glyph.

Saludos
jsgarcia

¡¡¡Hola, qué tal, muy lindo día!!!

Tengo algo atorado este programa y necesito su ayuda. Lo que yo necesito es que a partir de unas tablas de entrada
como estas:
ENSMUSG00000000001 1488
ENSMUSG00000000028 203
ENSMUSG00000000049 3
ENSMUSG00000000056 192
ENSMUSG00000000058 199
ENSMUSG00000000078 912
ENSMUSG00000000085 150
quiero obtener una sola que contenga todos los genes (la primera columna) que correspondan a los archivos y a los que no se encuentren en uno u otro les pongo un ...

Hola a todos.

Tengo un problema con un script que tengo que hacer en Perl. Llevo muchos días intentando solucionarlo pero no hay manera. Ahí va:

Tengo una lista en .txt formada por una columna de tipo de factor de transcripción (TF) y otra formada por sus aminoácidos. ej:
TF1 ATLHLSNIPPSVTMDDLKNLFEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHNHDLGENHHLRVSFSKS
TF1 ATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQALIELHNHDLGENHHLRVSFSKS
TF1 ATLHLSNIPQNVTEDDLRLLFNTGGTVKAFKFFQDRKMALIQMSTVEEAIQALIDLHNYNMGGNQHLRVSFSKS
TF2 GKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGDVSDCTIKFDSDSGRSRGFGFVLFKDPSSVEKVLQQKEHRLDGRLIDPKRAMAMKKEPV
TF2 GKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGEVSDCTIKFDSDSGRSRGFGFVLFKDPSSVKKVLEQKEHRLDGRLIDPQRAMAMKKEPV
TF3 GKMFVGGLSWDTSKKDLKDYFTKFGEVTDCTIKMDPNTGRSRGFGFILFKEPGSVEKVLEQKEHRLDGRLIDPKKAMAMKKDPVKK


Lo que necesito es simple: tengo que conseguir que me lea los aminoácidos ...

Hola a todos.

En esta ocasión busco ayuda por el siguiente inconveniente: tengo un código que me compara dos listas (son códigos ID). Si el ID de la lista 1 existe en la segunda columna de la lista 2, entonces imprime el ID correspondiente de la lista 1 y el ID correspondiente de la primera columna de la lista 2.

Bien, el programa hace eso, pero cuando reviso el archivo de salida me doy cuenta ...

Hola a todos, tengo un programa que hice para extraer las secuencias FASTA a partir de una lista, lo que necesito es que el programa use los id de la lista 1 y los compare contra una sección del encabezado de mi archivo FASTA. Si el id de la lista 1 existe entonces imprimir el nombre del archivo FASTA y las secuencias. Además en un archivo adicional imprime el id de la lista 1 con ...

En bioinformática (y otros muchos campos), una de las tareas habituales es la búsqueda de una cadena en otra más larga. Saber si está, dónde está, y cuántas más veces aparece.

Aún con los ordenadores más potentes, la simple búsqueda secuencial tiene límites si la cadena donde buscamos es enorme.

Una de las técnicas que se suelen utilizar, para acelerar el proceso de búsqueda, es la llamada Array de sufijos.

Supongamos que tenemos una secuencia ...