Foro - Perl en Español

Hola, buenas noches. Estoy haciendo un programa con Perl pero hay algo que me impide avanzar. Necesito hallar las frecuencias de cada aminoácido con una fórmula pero para ello he de utilizar los codones que codifican dicho aminoácido y no sé cómo seleccionar sólo esos y no todos. Tengo hecho un código pero creo que está mal porque no me da la cifra que quiero. Estaría sumamente agradecido si me ayudan.

my $a;
my ...

¡¡Hola!! Soy estudiante de ing. biológica, y actualmente curso la asignatura de bioinformática, debía crear una rutina para que dada la secuencia de un péptido el programa me identifique si dicho péptido es o no un péptido antimicrobiano.

La idea general es: Los péptidos antimicrobianos de mi trabajo, son péptidos con características especificas que los diferencian de los demás péptidos. Tienen varios aminoácidos que se conservan en posiciones muy especificas (motivos). Entonces, usando el modelo ...

Hola.

Tengo que hacer un programa que dada una secuencia de ADN en un archivo EMBL, y una posición de inicio y fin sobre ésta, me traduzca por codones a proteína.

A partir de aquí debo calcular el número efectivo de codones utilizados.

Tengo un módulo hecho con las subrutinas utilizadas, y al parsear el archivo EMBL, aunque me extrae solo la secuencia de ADN, me da error en la línea 9 y no sé ...

Hola, una duda.

¿Qué significan exactamente estas líneas?
if ( $line =~ /^SQ/ .. /^\/\// ) {
next if $line =~ m {^(?:SQ|//)};
$dna .= $line;
}

Yo creo que es: si coge de $line lo que está entre SQ y // y hace que pase a la siguiente línea si encuentra un matching en una línea que al principio tenga 0 o 1 SQ o //, y va concatenando las líneas a $line, ...

Hola, estoy intentando escribir un pequeño script para contar las veces que aparece el código de un gen (a partir de una lista en un archivo) en otro archivo, pero, obviamente, no lo logro.

archivo 1
Mnk1_iso2
Mnk2
Mos
MPSK1
MRCKa
...
archivo 2
Mnk1_iso2,P3455
Mnk1_iso2,P3455
Mnk2,P3455
Mnk1_iso2,P3455
Mos,P3455
...
El resultado debería ser
Mnk1_iso2 3 veces
MnK1 1 vez
Mnk2 1 vez
Mos 1 vez

Tengo un script pero es copia y modificación de ...

A ver, tengo que analizar cientos de ficheros FASTA. La cabecera ya la he sacado.

use strict;

my @fichero;

open (FA, "641736151.fna.txt");
@fichero = <FA>;
close @fichero;

my $line;
my @headers;
my $id;
my $locus;
my $refseq;
my $nombre;
foreach $line (@fichero){
if ($line =~ />/){
@headers = $line;
print @headers;
}

Entonces me da cientos de estas cabeceras:
>642427638 BgramDRAFT_6745 1557..1832(-)(NZ_ABLD01000069)
>642427639 BgramDRAFT_6746 1921..2019(-)(NZ_ABLD01000069)
>642427640 BgramDRAFT_6747 280..846(-)(NZ_ABLD01000070) ...

¡Hola!

Tengo una pequeña duda:
Necesito extraer de un fichero que comienza con varios comentarios que quiero saltar, la 3ª columna. Me explico:
###
# Word Obs Freq Exp
#
AAA 1 0.02 0.03 ... (cada columna está separada de la siguiente por \t )
TTT 2 0.05 0.08
CCC 5 0.07 0.12 ..... Y así sucesivamente

Quiero extraer, a partir de AAA y hasta el final, la columna de ceros y asignársela a un ...

¡Buenas!

Tengo un problema con un programa que estoy intentando hacer.

Tengo dos cadenas diferentes de ADN en dos arrays. Quiero recorrerlos para contar cuántas posiciones tienen la misma base, en cuántas hay transversiones y en cuántas, transiciones.

Al principio pretendí hacer un foreach() con los dos arrays, pero no se puede, ¿verdad?.

Ahora he hecho un foreach() recorriendo uno de los arrays y otro dentro recorriendo el otro array. Claramente está mal porque me ...

Estimados:

Necesito una pequeña ayudita en cuanto a un programa:

Tengo una cadena de ADN: actgactgactg... en forma de $cadena, y quiero coger los elementos de 2 en 2 o en n veces y contar las veces que suceden.

Lo he probado como substrings en la secuencia que te digo de ejemplo: ac, ct, tg, ga... y numerar las veces que aparecen cada tipo.

He intentado con arrays, con hashes y con toda clase de ...

«para los que trabajamos de manera habitual con archivos del Protein Data Bank es muy conveniente tener acceso a la colección de estructuras en formato PDB. Ojo, necesitarás al menos unos 14Gb de disco, pero tendrás al alcance de tu mano más de 77 mil estructuras de proteínas (y sus ligandos). La sección de descargas del PDB ofrece varias opciones, pero en mi opinión, si necesitas acceder desde tus programas a los archivos PDB sin ...