Foro - Perl en Español

Buenos días, llevo varios días con un problema y no sé cómo solucionarlo:

Tengo un archivo en formato FASTA de la siguiente manera:
>NUMEROS
12345
67891

>LETRAS
ABCDE
FGHIJ

>NUMEROS
12345
67891

>LETRAS
ABCDE
FGHIJ
...

Quiero quedarme solo con los números, pero no debo basarme en el hecho de que sean números o letras, sino que el primer formato fasta tiene números y el segundo letras, y esto se repite.

Gracias.

Relacionado con este tema tengo yo una duda. Necesito pasar de una variable escalar de la forma acccgtttauuugt a un array de esta otra forma: acc, cgt, tta, ... etc. Es decir, que me divida el escalar en grupos de 3 elementos y cada grupo como una variable del array. Tengo que hacer un trabajo sobre qué codón es el más usado para codificar cada proteína y estoy hecha un lío.

Gracias.

Buenas tardes,

Me llamo Álvaro y estoy intentando aprender a programar en Perl y Bioperl para poder desarrollar programas que me ayuden en el desempeño de mi Tesis doctoral.

No tengo experiencia previa en programación (solo un poco de Basic... :S ) y me ha sido imposible encontrar cursos presenciales de Perl; además los que vi a través de este foro requieren experiencia previa... es un bucle infinito, ¡ja,ja,ja!

Lo que os decía: es que ...

Hola a todos,

Les escribo para lo siguiente: tengo que procesar una base de datos, para ello dispongo de un par de archivos.

El archivo 1 contiene un listado de palabras que deseo buscar en el archivo 2 (base de datos). El archivo 1 tiene la siguiente estructura (solo es un fragmento):

zf-C2H2
WD40
I-set
Ank
fn3
Cadherin
7tm_1
V-set
Collagen
LRR_1
Pkinase
Sushi
EGF_CA
RRM_1
KRAB
C1-set

Ahora el archivo 2, que es mi ...

Hola a todos.

Quería haceros una pregunta breve: ¿hay alguna forma de, teniendo un hash, convertir sus valores en claves y sus claves en valores?

Muchas gracias.

Hola,

me gustaría que me ayudaseis con un problemilla.
Tengo que hacer el siguiente ejercicio y no sé muy bien cómo:

"Para cada codón, estudie el efecto que puede tener una mutación de un único nucleótido: ¿codificará el mismo o diferente aminoácido? Escribir una subrutina que dado un codón retorne una lista de todos los aminoácidos que podría codificar llevando a cabo una única modificación en el codón."

¡¡¡¡Muchas gracias!!!!

Tengo en una variable almacenado el siguiente texto:

join(53022..53183,53484..53624,53703..54494)

compl(23519..24451,24542..24655,24752..24962,25041..25435,
25524..25743,25825..25997,26081..26203,26292..26452,
26543..26776,26862..27012,27099..27281,27372..27533,
27618..27713,27803..28431,28708..28805,28890..29080,
29160..30065,30147..30311,30410..30816,30902..31079)

4523452..4678299

¿Como podría hacer para eliminar las líneas en blanco para obtener:
join(53022..53183,53484..53624,53703..54494)
compl(23519..24451,24542..24655,24752..24962,25041..25435,
25524..25743,25825..25997,26081..26203,26292..26452,
26543..26776,26862..27012,27099..27281,27372..27533,
27618..27713,27803..28431,28708..28805,28890..29080,
29160..30065,30147..30311,30410..30816,30902..31079)
4523452..4678299
?

He creado un programa en el cual partiendo del contenido de un archivo realiza una serie de operaciones hasta obtener un resultado.

¿¿Cómo podría hacer para que ese mismo programa trabaje con el contenido de dos fichero distintos simultáneamente sin tener que escribir el código dos veces (una para cada uno de los fichero) y obtener un resultado para cada fichero??

Tengo que hacer un programa que dada una secuencia busque si contiene una expresión que es introducida por el usuario desde teclado. Se tiene que obtener también la posición de inicio y final de esa expresión en la secuencia cada vez que aparezca esa expresión.

Tengo el siguiente código
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;

my $sec = 'SXRDCTFFFFFYVGUBHNJKLFVNLAISUBNLASDIUV
ÑSDVFNÑASNVÑAJSDBNÑFOIVABNÑSDFVBGÑASOI
OUIBHVDUIOAEIRVCTFFFFFFFFFBIÑSDAUBGPEWIUBVÑWEOPINGVÑER
EOVUNHOWUIGNÑVWUvÑBNVPIUWBNVIPUWBPIVÑBN
DUIVOWPIER';
my $expr;
do {
print "Introduzca la expresión regular a buscar: ...

Necesito hacer un programa que a partir de una secuencia de letras, la separe en tripletes (grupo de 3 letras) e indique el número de veces que aparece cada triplete a lo largo de la secuencia.

He escrito el siguiente código:

$sec = 'CGACGATCTTCGTACGGGACTAGCTCGTGTCGGTCGC';

for($i=0; $i < (length($sec) - 2) ; $i += 3) {
$tres = substr($sec,$i,3);

# Contamos los tripletes
$contador = 0;
$contador++ while $sec =~ /$tres/g;


# Declaramos un hash ...