Hola gracias a todos por las respuestas,
Jenda, debido a que ya existe toda una infraestructura funcionando con esto, no es viable cambiar la manera en que se están serializando los hashes en disco, de manera que no es una alternativa cambiar DB_file por BerkeleyDB; y sí, ya he leído la documentación que me recomiendas y estoy de acuerdo en que se debería cambiar, de momento implementé otra solución y tengo que preparar una buena justificación técnica para poder proponer el cambio de DB_file a BerkeleyDB o a cualquier otra alternativa que nos evite estos inconvenientes.
Al final lo que hice fue algo como esto:
Cuando el equipo que estaba atendiendo originalmente falla y el de respaldo empieza a trabajar, este empieza a guardar un historial de la acciones realizadas que posteriormente se aplicarán al primer equipo cuando este vuelva a entrar en servicio de manera que su serialización quede actualizada.
No sé si será la mejor solución, pero de momento esto me ha sacado del lío...
Saludos