Foro - Perl en Español

por **marioalbertocer** » 2011-12-06 17:05 @753

Buenas noches,

Estoy escribiendo un programa que me permite entrar en una base de datos por medio de FTP, tomar ciertos archivos que me interesan y guardarlos en mi disco duro.

Al correr el programa me sale el siguiente mensaje:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

readline() on closed filehandle FILE at bajargenomasbacterias.pl line 31.

Use of uninitialized value $nombre in pattern match (m//) at bajargenomasbacterias.pl line 32.

Use of uninitialized value $nombre in substitution (s///) at bajargenomasbacterias.pl line 37.

Use of uninitialized value $nombre in substitution (s///) at bajargenomasbacterias.pl line 38.

Use of uninitialized value $nombre in substitution (s///) at bajargenomasbacterias.pl line 39.

Can't use an undefined value as a symbol reference at bajargenomasbacterias.pl line 41.Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Al final solo me está grabando el primer archivo tal cual yo lo quiero.

Adjunto el código que escribí.

De antemano muchas gracias a quien me pueda ayudar.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
use Net::FTP;
 
my $username = "anonymous";
my $pwd      = "\n";
my $ftp      = Net::FTP->new("ftp.ncbi.nlm.nih.gov")
    or die("no se puede conectar al servidor: $!");    #entra a las bases de datos del NCBI
$ftp->login( $username, $pwd ) or die("login incorrecto: $!");    # login y pass para poder entrar
 
                     #El directorio inicial donde se encuentran los subdirectorios donde están los archivos que quiero
$ftp->cwd("genomes/Bacteria/");
 
my $Bacteria    = '';
my @Directorios = $ftp->ls;
 
foreach $Bacteria (@Directorios) {     # Abro cada uno de los subdirectorios
    unless ( $Bacteria =~ /\./ ) {
        $ftp->cwd("$Bacteria/");
 
        my @archivos = $ftp->ls;
        my $nombre   = '';
        my $ffn      = '';
 
        foreach $ffn (@archivos) {     #Saco el archivo que está en el subdirectorio
            if ( $ffn =~ /.ffn/ ) {
                $ftp->get( "$ffn", "$ffn" );    #Copio el el archivo a mi disco, pero pasa con un nombre que NO quiero
                open( FILE, $ffn );    #Abro el archivo para sacar el nombre que quiero de su primera línea
 
                $nombre = <FILE>;      #saco el nombre tal como lo quiero
                if ( $nombre =~ /\[/ ) {
                    $nombre =~ s/>.*\[\s//;
                    $nombre =~ s/./\.ffn/;
                }
                else {
                    $nombre =~ s/>.*[:,]c*[0-9]{1,}-[0-9]{1,}\s//;
                    $nombre =~ s/,.*$/\.ffn/;
                    $nombre =~ s/\//-/;
                }
                close $nombre;
                open( FILE, $ffn );
 
                my $secuencia = '';    # reescribo el archivo con el nombre que quiero ponerle
                while ( $secuencia = <FILE> ) {
                    open( NUEVO, ">>genomas_bacterianos/$nombre" );
                    print NUEVO $secuencia;
                }
                unlink("$ffn") || &error( 'eliminar', 'archivo' );    #borro el archivo que tenía el nombre inicial
            }
            $ftp->cdup();              # me salgo del subdirectorio para poder entrar al otro que sigue.
        }
    }
}
$ftp->quit or die("No se pudo desconectar con el servidor: $!");
 
# Este hermoso código me permite introducirme en las bases de datos del NCBI
# para descargar los genomas cloroplásticos para luego renombrarlos y guardarlos en la carpeta "genomas_cloroplastos".
 
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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Problema inicialización de variable

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