Foro - Perl en Español

Sí, esa es la estructura que he utilizado en el substr. El problema es que no sé cómo meter la parte del CDS y ese substr en el primer bucle foreach (que está dentro de una subrutina y me extrae todas las secuencias desde ORIGIN hasta //) que te mandé antes para que me funcione, es decir para que me...

He logrado hacer una subrutina que me extraiga todas las secuencias desde el ORIGIN hasta las //. Sin números y sin saltos de línea. Por otro lado también he logrado extraer el CDS. Mi problema ahora es unirlo de tal forma que solo me extraiga la secuencia codificante, no sé como hacerlo. Tengo por ...

Necesito solo la subrutina que me extraiga la línea del CDS, en concreto solo los dos números.

Es una asignatura de mi carrera, pero tenemos un nivel muy básico y creo que demasiado básico e insuficiente para hacer este trabajo... así que me harías un gran favor si me lo explicases con más detalle. He intentado hacer esta parte por mi cuenta mediante subrutinas que contienen bucles y tengo un...

Funciona perfectamente pero soy incapaz de seguir y entender el procedimiento... ¿No hay algo más sencillo? Es que es un trabajo y tengo que explicar todos los pasos que voy siguiendo... A continuación tengo que identificar los codones con su aminoácido correspondiente y para ello tengo que dividir ...

No he podido mirar hasta hoy el foro... Ahora probaré lo que me has mandado y lo mas importante, intentaré comprenderlo... aunque dudo que sea capaz. De todas formas muchas gracias; ya te contaré cómo me ha ido y si soy capaz de hacer este paso del ejercicio. Te mandaré más dudas...

Sí, de nuevo empieza por LOCUS... DEFINITION... ACCESION... ... FEATURES... ... CDS... .... y va a continuación dentro del mismo fichero. El bucle que debe extraerme las partes que he comentado anteriormente debe estar dentro de una subrutina. Por cierto, no tengo mucho nivel porque solo he cursado ...

LOCUS NM_130850 1748 bp mRNA linear PRI 18-DEC-2007 DEFINITION Homo sapiens bone morphogenetic protein 4 (BMP4), transcript variant 2, mRNA. ACCESSION NM_130850 VERSION NM_130850.2 GI:157276594 KEYWORDS . SOURCE Homo sapiens (human) ORGANISM Homo sapiens Eukaryota; Metazoa; Chordata...

Creo que eso no es lo que me piden. Tengo que extraer la parte codificante de las 20 secuencias. Entonces tengo que hacer un bucle que extraiga la parte comprendida entre ORIGIN y // y después la parte codificante que está indicada en el CDS del tipo: CDS 56..78 Así pues tengo que emplear un bucle d...

Problema: Tengo un fichero en formato GenBank que almacena 20 secuencias de ADN. A partir de ahí he de extraer la parte codificante (FEATURES-CDS). Supongo que tengo que utilizar las expresiones regulares pero es que no sé ni cómo empezar.