Foro - Perl en Español

El problema estaba en que los archivos están en formato MSDOS (las líneas terminan en dos caracteres: el carácter de retorno de carro (13) y el de avance de línea (10)). Como yo trabajo en Linux, me llamó la atención que solo pudiera leer un registro. Es debido precisamente a la distinta terminación...

aqui van los archivos que usa el script

Sería interesante que publicaras dos ejemplos, uno de un archivo a filtrar, y luego otro con las palabras, pero como supongo que son muy largos, con unas versiones más cortas, de unas decenas de líneas, sería suficiente.

[perl lines=geshi-n] #!/usr/bin/perl ## Procesar todas las líneas, una a una open (F,"<lista_de_secuencias.txt") or die "can't open lista\n"; my @palabras=<F>; close F; #chomp @palabras; print "@palabras\n"; open (INPUT , "<$ARGV[0]"); open (OUTPUT, ">$AR...

El fallo está en la línea 12: [perl start=12 lines=geshi-n]chomp $palabras;[/perl] Esa variable no es conocida, en esa línea. Perl no hace nada ahí. En realidad, lo que quieres hacer es quitar los finales de línea de todas las @palabras, así que la línea debería ser [perl start=12 lines=geshi-n]chom...

[perl lines=geshi-n] #!/usr/bin/perl ## Procesar todas las líneas, una a una open (F,"<lista_de_secuencias.txt") or die "can't open lista\n"; my @palabras=<F>; close F; #print "@palabras||\n"; open (INPUT , "<$ARGV[0]"); open (OUTPUT, ">$ARGV[0].out"...

Yo lo que haría sería primero leer todas las palabras de ese archivo. Luego, en el núcleo principal, donde vamos mirando línea a línea, lo metemos dentro de un bucle for() que vaya recorriendo las palabras, algo así: for my $palabra (@palabras) { y luego ya podemos mirar a ver si esa $palabra está e...

Hola, explorer.

¿Cómo podría hacer lo mismo que hace este script, pero en vez de ser una sola palabra, como en este caso ':GRCh38:7:', pueda leer palabras de búsqueda desde una lista contenida en otro archivo?

Saludos.

Al código, en principio, no veo problemas, pero sería interesante ver un ejemplo de los archivos que procesa.

¿Puedes publicar un ejemplo de los dos, reducidos a unas pocas líneas?

... la primera con un código asociado a un grupo de elementos; la segunda son estos elementos separados por '|'. El segundo archivo es uno tipo fasta donde están las secuencias de cada uno de los elementos mostrados en la columna 2 del archivo 1. La intención es imprimir el ID de cada grupo, ...