ADN y partes codificantes
Publicado: 2009-07-28 08:25 @392
¡Hola!
Tengo una cadena de ADN y los CDS que me indican cuáles son las partes codificantes. Los CDS vienen de tres formas diferentes:
Intervalo único
Ejemplo:
CDS 50878..51332
Intervalos combinados que dan lugar a una única secuencia codificante
Ejemplo 1:
CDS join(53022..53183,53484..53624,53703..54494)
Ejemplo 2:
CDS join(23519..24451,24542..24655,24752..24962,25041..25435,
25524..25743,25825..25997,26081..26203,26292..26452,
26543..26776,26862..27012,27099..27281,27372..27533,
27618..27713,27803..28431,28708..28805,28890..29080,
29160..30065,30147..30311,30410..30816,30902..31079)
En este caso, la secuencia codificante, será la unión de todos los intervalos que aparecen entre paréntesis.
Entradas únicas o combinadas indicando que la secuencia codificante se
encuentra en la cadena complementaria
Ejemplo 1:
CDS complement(57392..58978)
Ejemplo 2:
CDS complement(join(61963..62124,63431..63811))
Tengo los CDS aislados pero no se me ocurre cómo podría hacer para quedarme solo con la parte codificante de la cadena de ADN utilizando la información de estos CDS. ¿Me podríais ayudar? ¡Muchas gracias!
Tengo una cadena de ADN y los CDS que me indican cuáles son las partes codificantes. Los CDS vienen de tres formas diferentes:
Intervalo único
Ejemplo:
CDS 50878..51332
Intervalos combinados que dan lugar a una única secuencia codificante
Ejemplo 1:
CDS join(53022..53183,53484..53624,53703..54494)
Ejemplo 2:
CDS join(23519..24451,24542..24655,24752..24962,25041..25435,
25524..25743,25825..25997,26081..26203,26292..26452,
26543..26776,26862..27012,27099..27281,27372..27533,
27618..27713,27803..28431,28708..28805,28890..29080,
29160..30065,30147..30311,30410..30816,30902..31079)
En este caso, la secuencia codificante, será la unión de todos los intervalos que aparecen entre paréntesis.
Entradas únicas o combinadas indicando que la secuencia codificante se
encuentra en la cadena complementaria
Ejemplo 1:
CDS complement(57392..58978)
Ejemplo 2:
CDS complement(join(61963..62124,63431..63811))
Tengo los CDS aislados pero no se me ocurre cómo podría hacer para quedarme solo con la parte codificante de la cadena de ADN utilizando la información de estos CDS. ¿Me podríais ayudar? ¡Muchas gracias!