Bioinformática: comparación de aminoácidos, por codones
Publicado: 2010-01-14 20:39 @902
Ejercicio a presentar en la convocatoria de Enero de 2010.
Informática - Biotecnología. Universidad de Salamanca.
Construir el programa pep2dna.pl que se ejecutará con la siguiente sintaxis:
perl pep2dna.pl fichin1 fichin2 fichout linesize
Funcionamiento
El programa pep2dna.pl recibirá como primer argumento un nombre de fichero (fichin1) que contendrá un número variable de secuencias de DNA, seguidas de su traducción a secuencia de aminoácidos, siguiendo el formato que puede verse en los ficheros de ejemplo en Studium, y que coincide con un conjunto de secuencias en formato FASTA concatenadas. Del análisis en conjunto de todos los registros FASTA que aparecen en ese fichero se obtendrá el codón que se utiliza más frecuentemente para codificar cada aminoácido.
Una vez obtenida esa información se leerá el contenido del fichero que se le pasa como segundo argumento (fichin2) que contendrá información biológica real extraída de una base de datos y correspondiente a una proteína. Este fichero contiene la secuencia de nucleótidos en formato FASTA, seguida de la secuencia de aminoácidos también en formato FASTA almacenada en dicha base de datos. La secuencia de aminoácidos presente en ese fichero se traducirá a una secuencia de nucleótidos, utilizando para cada aminoácido el codón correspondiente más frecuente que se ha encontrado en el paso anterior.
El resultado se escribirá en un fichero (fichout), compuesto por líneas del tamaño que se indica como cuarto argumento (linesize) y que será obligatoriamente múltiplo de 12. En cada línea aparecerá la secuencia almacenada en fichin2, junto con la traducción de proteína a nucleótido que se ha obtenido utilizando para ello el codón más frecuente encontrado en fichin1, y los puntos marcados con el símbolo "*" en que se ha producido una variación en la traducción. Para cada línea se antepondrá la posición de comienzo y se escribirán bloques de 12 en 12 nucleótidos con un espacio separando cada uno de ellos (ver fichero de salida en los ejemplos de la página web). Anteriormente se dará el número de nucleótidos que varían de la traducción de proteína a nucleótido hecha con los codones más frecuentes y la real encontrada en la base de datos.
El fichero de entrada es el siguiente:
Ejemplo del fichero segundo, con la información de la proteína:
Con los dos ficheros anteriores, la salida sería así:
Límite de plazo de entrega: 15 de enero de 2010.
Defensa del programa: 18 de enero de 2010.
Informática - Biotecnología. Universidad de Salamanca.
Construir el programa pep2dna.pl que se ejecutará con la siguiente sintaxis:
perl pep2dna.pl fichin1 fichin2 fichout linesize
Funcionamiento
El programa pep2dna.pl recibirá como primer argumento un nombre de fichero (fichin1) que contendrá un número variable de secuencias de DNA, seguidas de su traducción a secuencia de aminoácidos, siguiendo el formato que puede verse en los ficheros de ejemplo en Studium, y que coincide con un conjunto de secuencias en formato FASTA concatenadas. Del análisis en conjunto de todos los registros FASTA que aparecen en ese fichero se obtendrá el codón que se utiliza más frecuentemente para codificar cada aminoácido.
Una vez obtenida esa información se leerá el contenido del fichero que se le pasa como segundo argumento (fichin2) que contendrá información biológica real extraída de una base de datos y correspondiente a una proteína. Este fichero contiene la secuencia de nucleótidos en formato FASTA, seguida de la secuencia de aminoácidos también en formato FASTA almacenada en dicha base de datos. La secuencia de aminoácidos presente en ese fichero se traducirá a una secuencia de nucleótidos, utilizando para cada aminoácido el codón correspondiente más frecuente que se ha encontrado en el paso anterior.
El resultado se escribirá en un fichero (fichout), compuesto por líneas del tamaño que se indica como cuarto argumento (linesize) y que será obligatoriamente múltiplo de 12. En cada línea aparecerá la secuencia almacenada en fichin2, junto con la traducción de proteína a nucleótido que se ha obtenido utilizando para ello el codón más frecuente encontrado en fichin1, y los puntos marcados con el símbolo "*" en que se ha producido una variación en la traducción. Para cada línea se antepondrá la posición de comienzo y se escribirán bloques de 12 en 12 nucleótidos con un espacio separando cada uno de ellos (ver fichero de salida en los ejemplos de la página web). Anteriormente se dará el número de nucleótidos que varían de la traducción de proteína a nucleótido hecha con los codones más frecuentes y la real encontrada en la base de datos.
El fichero de entrada es el siguiente:
Using text Syntax Highlighting
>DNA1
atggggttttctaaaatagcacttttttctttattcgcgctcttcggcct
tcctacctctcttgctaaaagcagtgaggaatggcgcgaccgtatcattt
accaggtcataactgacagatttgccgttgactctgataatacacccgat
tgctccttcgatgatagttcttattgcggtggtacatggagcggtattcg
ttctaaactcgactacatccaaggaatgggattcaacgccatctggatct
ctcctgtcgaaaagaatcttgagggttcttacggtagtgatggtgaagct
taccatggttattggaataccgatttcactcaattaaacgagcattttgg
ttcggaggatgatctcatcgatttaatcactgatatgcacaatcgtgaca
tgtggatcatgtttgacgcgttggccaactcaatggccattccaggaccc
accgataacatcagctactcgaatcttgtgccttttaatgactcatccta
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ttatctcgacagcattaccagctatcccattcgtcaaggaattgaatttg
catttaattatactggtgctgcatttgaatatcttcaggagattgatacg
caattccagcaagcttgtgagggacaagatatgtcggttatcggaaactt
tttggagaaccatgaccttccccgttacacctctattaccaatgatacct
cacaagatattggcgccattgttttcctccttctgcatactggcattccc
attatttattatggagaagaacaacgcttgcctggtggctctgatacccc
ggaaaaccgtgccgccttgtggaattacggctatgacactgatgcaaatt
attaccaaaccattcgcactgctattgctctacgaaaacaagctataagt
gacagtgattcttggaccacagattctcactcttatttggactacgatct
gcgccatgctgtggtaagaaaaggtgatgttttgggagtttacacaaact
acgagtcaagttctgacaacgttacttatgatgtctcctctaattttgat
gatggtactgttttgcgcgaggttttgagcaatactactacgaccgttgg
ctcaagtggagcattgcacgttactgttgtaagcggtctacctcaggtct
attatcctgaggctagtttgacttcctttggaaacttcctaggaacggcc
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ttcgctttcatctgtgcatacatcatctgccacatcaagctccaagtcta
gctctagctctagctccaggtccggctctagttcaagttcaagctccagg
tccggttcgacttcttctagcggctctagccataccatcacttctacttc
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>PROT1
MGFSKIALFSLFALFGLPTSLAKSSEEWRDRIIYQVITDR
FAVDSDNTPDCSFDDSSYCGGTWSGIRSKLDYIQGMGFNA
IWISPVEKNLEGSYGSDGEAYHGYWNTDFTQLNEHFGSED
DLIDLITDMHNRDMWIMFDALANSMAIPGPTDNISYSNLV
PFNDSSYFHPYCWIDYGSNNNTDIEDCWTGDDNVILADLD
IESTNVADYLHEHIHDMVERYQIDGIRIDAVKQMNPEFFP
NYTSAAGVFAIGEMFSYDPNVSCSVRNYLDSITSYPIRQG
IEFAFNYTGAAFEYLQEIDTQFQQACEGQDMSVIGNFLEN
HDLPRYTSITNDTSQDIGAIVFLLLHTGIPIIYYGEEQRL
PGGSDTPENRAALWNYGYDTDANYYQTIRTAIALRKQAIS
DSDSWTTDSHSYLDYDLRHAVVRKGDVLGVYTNYESSSDN
VTYDVSSNFDDGTVLREVLSNTTTTVGSSGALHVTVVSGL
PQVYYPEASLTSFGNFLGTATSYSSASASYPSTSMSASLS
SVHTSSATSSSKSSSSSSSRSGSSSSSSSRSGSTSSSGSS
HTITSTSQSVHTSGSSTSTSSVAVTSTAYSSSSSSSSSSS
IESSANAVRVSILGVAAFIAIVLFI_
>DNA2
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aactcaaagacgactttcacgttcaagcactatcactcctagtgtatcag
aatatcgatctggtttctcaaaaactgcttttggaaatattgaactggag
gaaattcctgataaacaaggcaacattacacgtgctacaagcaatctcga
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gatcaattgcacttgtattactcaacaatctcatgtctgaaatgtctttg
actattgcgttgccaatttcggctgcatacactgaaattttgggaggtac
tgatgctttctcaggtcttgttattggtattcctactatgatttcactag
tttgcttatatccaatgcttcggtttgcgaatccaaagtctgccaatgga
tatacgctctactttcgaccactgattgtttcctgcatttctcaaataat
aggccatttactgtattcactagcgtaccgtgcacaatggctgtatttaa
ttcttatcggtcgtatgtgcagtggtgttggttttaccatgtttctgtat
cataaaacttacttgacagataaaaactttgttggacaaaatcgatccac
atttttggctactctaaacattttggcccagattttagggtccatggcag
gtgcctttctgggtggtatattagcgaaggcttctatgcacttgacagac
ccaatttggaatcaatatactgcaggatcttggtttatgctatttatctg
gatcgtatattcaatctttttgtctatcttttttaaagaagttcgggttg
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gctccactgtccttcaagcaaaagtttatgttgtgttttctgtctatggc
tgctttcatttctatctttaatgttgccggttatcaaaccagtgtaccta
tttacgctaaagcactatatcattacaatccttttcaatctggtaacttc
ctttctctttcatctttggttattgctccttttgtattttttagcacatt
tctatccaagtggttagaagataggcagatcatgctctacggattcatga
tgggtatagtggccttaatagttcatttagtattggatgctgttcacaaa
atccccgtacagccctattttgttttatattccataatgcaatttggatt
tagcgttggttcggctccgttggtgtctcttgctaccaagcagttgcatc
caaaataccatatgattactggtgtcgtagtacaagttggtatttcgatt
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>PROT2
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KTAFGNIELEEIPDKQGNITRATSNLESNSYPKALDPDAC
PPKRSIALVLLNNLMSEMSLTIALPISAAYTEILGGTDAF
SGLVIGIPTMISLVCLYPMLRFANPKSANGYTLYFRPLIV
SCISQIIGHLLYSLAYRAQWLYLILIGRMCSGVGFTMFLY
HKTYLTDKNFVGQNRSTFLATLNILAQILGSMAGAFLGGI
LAKASMHLTDPIWNQYTAGSWFMLFIWIVYSIFLSIFFKE
VRVGNTATNVRKPESFTGKTAPLSFKQKFMLCFLSMAAFI
SIFNVAGYQTSVPIYAKALYHYNPFQSGNFLSLSSLVIAP
FVFFSTFLSKWLEDRQIMLYGFMMGIVALIVHLVLDAVHK
IPVQPYFVLYSIMQFGFSVGSAPLVSLATKQLHPKYHMIT
GVVVQVGISIGETVGSICGGAIFDITTVGFIAMNLGIALL
VFIQLLYLWTFIKTKTG_
>DNA3
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tcagcctcaaaggcagccttctcgcttgagtactgtagctagtatttcag
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gtgatacctaacaaacagaatatctctacacggagttttagaaatgatgg
aaatgactcagatccgcaaacattggaccccgacgcgtacccacccaaga
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tcaactgcgttaccaatttcggctgcatacactgaaattttgggaggtac
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ttcttatcggtcgtatgtgtaatggtgttggttttaccatgtttctgtac
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gtgcatatacggtatcctattgtctatcttttttaaagaaattcgagccg
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tgggaatactggctcttgttgtacatcttgttttagacgttcttcacaag
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cgaaatatcatatccttgtcggcattattgttcaaattggtatatctgct
gcagatacagttggtgctatctgtggaggcgctatatttgatataaccac
agttggatttatcgcattaaatttgggtattgctgtactggtgtttattc
aattgttgttcttgtggaatagcatcaagactaagactggctaa
>PROT3
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KTVFEEIELEVIPNKQNISTRSFRNDGNDSDPQTLDPDAY
PPKRSIAFVLLNSILSDMSMSTALPISAAYTEILGGTDAF
SGLVIGIPTMISLVCLYPMLRFANPKSANGYTLYFRPLIV
SCISQIIGHLLYSLAYRAQWLYLILIGRMCNGVGFTMFLY
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LAKACMHLTNPIWNQYTVGSWFMLFAWCIYGILLSIFFKE
IRADGNDSSARKPENFNGQAVKLSYTHKFMLVFLSMVAFI
SYFNIAGYQASVPIYAKELYHYNAFQSGNFLSLSALVIAP
LVFLSTFLSKWAEDRDMMLYGFILGILALVVHLVLDVLHK
VRVQPYFVLYSAMQFGFSIGSAPLISLATKQLHPKYHILV
GIIVQIGISAADTVGAICGGAIFDITTVGFIALNLGIAVL
VFIQLLFLWNSIKTKTG_
>DNA4
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tgcgtttgcaggatggatggatacacacatgaaagatgaacatcacattg
ataagtacacagatgaatctttttttcgtcttcacgatttaggaaaaaag
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tgatgaggtcccattcgtcaaaaagaatgaggttttggttgatgttctaa
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gcatttcgtaaaaatggaggagagttaacggattttggatttccagggca
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atcgaacattttcaaaaacacgatgagatatttcatggtgataagaaacc
tgaggaacgacgcaaacattttgtaaaatacaataatatccctgacaagt
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>PROT4
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DVLKKCDPSGNRRITLDEFLAFRKNGGELTDFGFPGHHGD
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FHGDKKPEERRKHFVKYNNIPDKYRRVSI_
>DNA5
atgggccgcgatatttacaaggacgagacattgacgatccctgagggcgt
ttcagttgacatcaaggctcgtttggtgactgtaaaaggccctcgtggtg
ttttgaagcaaaacttgcgccgtgtggatattgagttgaagaagcaaggc
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>PROT5
MGRDIYKDETLTIPEGVSVDIKARLVTVKGPRGVLKQNLR
RVDIELKKQGNTIKFIVWHGSRKHNACIRTAYSIINNMII
GVTQGFRYKMRLVYAHFPININLTENGTVVEIRNFLGERI
TRVIKCLPGVTVSISSAVKDEIIIEGNSLENVSQSAANIK
QICNVRNKDIRKFLDGIYVSERGNIEELE_
>DNA6
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gtccgcggttatgttccaatcgcttgtaatcttataacatcttcagattc
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tcctcttcgacaaaacatgccacagcatatgtttcaaagactaaaggaag
ggtacagaaacattattattgcaattgtagattatggagttataagctac
attcggctatcggatgtttgttttgaagaaaaagtttatacagacttctc
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>PROT6
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IPKRGQKDFEPDGTNKQHSALDLSRKAMFDALSVERLISA
KHAIIATWNAQNGMSCVEKAHGPLFKTMGTADSQNRMWLL
PEETLYLVERGSMECWSEEGLPMSLQAVYSASIPLCGSLE
NYLVYAHLRRCGFSVIRSNLVPVKEDEYRCDSKIMNFKDL
LFLGLGKASQILQTFNFRKLAFPFSKRRRQSILLHDTFYT
YEEVYHDLQIVRGYVPIACNLITSSDSLFQITFHAYKPSA
SFKKSALSEPDFRICVVSSQDTLLPTIFEIDALFSSTPLR
QNMPQHMFQRLKEGYRNIIIAIVDYGVISYIRLSDVCFEE
KVYTDFSKKGSKRKRVSKKFQQLV_
atggggttttctaaaatagcacttttttctttattcgcgctcttcggcct
tcctacctctcttgctaaaagcagtgaggaatggcgcgaccgtatcattt
accaggtcataactgacagatttgccgttgactctgataatacacccgat
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gtgatacctaacaaacagaatatctctacacggagttttagaaatgatgg
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gatctattgcatttgtcctgcttaacagtattctctcagatatgtccatg
tcaactgcgttaccaatttcggctgcatacactgaaattttgggaggtac
tgatgctttttcaggtcttgttattggtattcctactatgatttcactag
tttgcttatatccaatgcttcggtttgcgaatccaaagtctgccaatgga
tatacgctctactttcgaccactgattgtttcctgcatttctcaaataat
aggccatttactgtattcactagcgtaccgtgcacaatggctgtatttaa
ttcttatcggtcgtatgtgtaatggtgttggttttaccatgtttctgtac
cataaaaagtatttgacagataagcacttcgtggggcaaaatcgttctac
tttccttgcgacgcttaatattctcgcgcaaacagtaggtttcatggccg
gttcatttttaggtggtttgctggccaaggcatgcatgcacttgacaaac
ccaatttggaaccagtatactgttgggtcttggtttatgcttttcgcttg
gtgcatatacggtatcctattgtctatcttttttaaagaaattcgagccg
atggcaatgactcgtcagctcgaaagcccgaaaacttcaatggacaagcg
gttaagcttagctatacgcataaatttatgctagtcttccttagtatggt
tgcatttatctcatacttcaacatagcagggtatcaagctagcgttccca
tttatgctaaagagctttatcattacaatgcctttcaatctggtaacttt
ctttcactttctgctcttgtaatagctccacttgtgtttttgagcacgtt
tttgtctaaatgggcagaagatagagatatgatgctttatggctttatat
tgggaatactggctcttgttgtacatcttgttttagacgttcttcacaag
gttcgcgtgcagccatactttgttttgtactctgccatgcagtttgggtt
tagtatcggttccgcaccattaatttcacttgctactaaacaattgcatc
cgaaatatcatatccttgtcggcattattgttcaaattggtatatctgct
gcagatacagttggtgctatctgtggaggcgctatatttgatataaccac
agttggatttatcgcattaaatttgggtattgctgtactggtgtttattc
aattgttgttcttgtggaatagcatcaagactaagactggctaa
>PROT3
MSISIETITKRNQYRVDQPQRQPSRLSTVASISEYQSDYS
KTVFEEIELEVIPNKQNISTRSFRNDGNDSDPQTLDPDAY
PPKRSIAFVLLNSILSDMSMSTALPISAAYTEILGGTDAF
SGLVIGIPTMISLVCLYPMLRFANPKSANGYTLYFRPLIV
SCISQIIGHLLYSLAYRAQWLYLILIGRMCNGVGFTMFLY
HKKYLTDKHFVGQNRSTFLATLNILAQTVGFMAGSFLGGL
LAKACMHLTNPIWNQYTVGSWFMLFAWCIYGILLSIFFKE
IRADGNDSSARKPENFNGQAVKLSYTHKFMLVFLSMVAFI
SYFNIAGYQASVPIYAKELYHYNAFQSGNFLSLSALVIAP
LVFLSTFLSKWAEDRDMMLYGFILGILALVVHLVLDVLHK
VRVQPYFVLYSAMQFGFSIGSAPLISLATKQLHPKYHILV
GIIVQIGISAADTVGAICGGAIFDITTVGFIALNLGIAVL
VFIQLLFLWNSIKTKTG_
>DNA4
atgaagttttctaccgtagggtttttgttttcaacaattttattcaaaag
tgcgtttgcaggatggatggatacacacatgaaagatgaacatcacattg
ataagtacacagatgaatctttttttcgtcttcacgatttaggaaaaaag
ggatactggtcagatcaagatatacttagtttatatggattatttgaaaa
tgatgaggtcccattcgtcaaaaagaatgaggttttggttgatgttctaa
aaaaatgcgatccatcgggcaatcgccggataacacttgatgaatttctt
gcatttcgtaaaaatggaggagagttaacggattttggatttccagggca
ccatggtgatgaggaagaggaatttgaaatgcatcatgtggaaaaatatc
acccagctggcctcgatgaaccagatgaaaactggaatcatcctgaagat
atcgaacattttcaaaaacacgatgagatatttcatggtgataagaaacc
tgaggaacgacgcaaacattttgtaaaatacaataatatccctgacaagt
atcgtcgtgtgagcatttaa
>PROT4
MKFSTVGFLFSTILFKSAFAGWMDTHMKDEHHIDKYTDES
FFRLHDLGKKGYWSDQDILSLYGLFENDEVPFVKKNEVLV
DVLKKCDPSGNRRITLDEFLAFRKNGGELTDFGFPGHHGD
EEEEFEMHHVEKYHPAGLDEPDENWNHPEDIEHFQKHDEI
FHGDKKPEERRKHFVKYNNIPDKYRRVSI_
>DNA5
atgggccgcgatatttacaaggacgagacattgacgatccctgagggcgt
ttcagttgacatcaaggctcgtttggtgactgtaaaaggccctcgtggtg
ttttgaagcaaaacttgcgccgtgtggatattgagttgaagaagcaaggc
aacactatcaagtttattgtctggcatggctctcgtaagcataatgcttg
cattcgtaccgcctattccatcatcaataacatgatcattggcgttaccc
aaggtttccgctacaagatgcgtcttgtctatgctcactttcccatcaac
atcaatttgactgagaacggaaccgttgttgagatccgtaactttttggg
cgaacgtattactcgtgtcatcaagtgtttgcctggcgttaccgtttcca
tttcttctgccgtcaaggatgagattataattgaaggtaactccttggag
aatgtttctcaatccgctgccaacatcaagcaaatttgcaatgtccgcaa
caaggatatccgtaagttcttggatggtatctatgtttctgaacgtggta
acatcgaggagttggaatag
>PROT5
MGRDIYKDETLTIPEGVSVDIKARLVTVKGPRGVLKQNLR
RVDIELKKQGNTIKFIVWHGSRKHNACIRTAYSIINNMII
GVTQGFRYKMRLVYAHFPININLTENGTVVEIRNFLGERI
TRVIKCLPGVTVSISSAVKDEIIIEGNSLENVSQSAANIK
QICNVRNKDIRKFLDGIYVSERGNIEELE_
>DNA6
atggatgcacaggatgaagataatccatttacgaatcttgaaactactgt
agacgtcacagaagaaattcaagattggagatttttatcaaatgtcgaaa
aagaccaagggacatacactatcccaaaacgtggacaaaaagactttgaa
ccagatggcaccaataagcaacattctgctctcgacttgagcaggaaggc
gatgtttgatgccctttcagtggagagattaatatcggccaaacatgcaa
taatagctacttggaatgcccaaaatgggatgtcttgtgttgaaaaggca
catggacctttgtttaaaaccatgggtactgctgactctcaaaatcgcat
gtggttacttccagaggagactttgtatcttgttgaacgtggatcgatgg
aatgctggtcagaagaaggattgccaatgagtttgcaagcagtttactca
gcctctattcctttatgtggtagcttagaaaattatcttgtttatgctca
tttacggagatgtggtttttcggttatacgttcaaacctagttccagtaa
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ttgtttttaggattgggaaaggcttcacaaatattacaaacatttaactt
tcggaaactagcttttccattttcaaagcggaggaggcagtctatcctct
tacatgatacattttatacatacgaagaagtgtatcatgatttgcaaatt
gtccgcggttatgttccaatcgcttgtaatcttataacatcttcagattc
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aatcggccttatcagagcctgattttaggatatgtgtggttagctctcag
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tcctcttcgacaaaacatgccacagcatatgtttcaaagactaaaggaag
ggtacagaaacattattattgcaattgtagattatggagttataagctac
attcggctatcggatgtttgttttgaagaaaaagtttatacagacttctc
taaaaagggatctaaaaggaaaagggtgagtaaaaaatttcaacaattgg
tctaa
>PROT6
MDAQDEDNPFTNLETTVDVTEEIQDWRFLSNVEKDQGTYT
IPKRGQKDFEPDGTNKQHSALDLSRKAMFDALSVERLISA
KHAIIATWNAQNGMSCVEKAHGPLFKTMGTADSQNRMWLL
PEETLYLVERGSMECWSEEGLPMSLQAVYSASIPLCGSLE
NYLVYAHLRRCGFSVIRSNLVPVKEDEYRCDSKIMNFKDL
LFLGLGKASQILQTFNFRKLAFPFSKRRRQSILLHDTFYT
YEEVYHDLQIVRGYVPIACNLITSSDSLFQITFHAYKPSA
SFKKSALSEPDFRICVVSSQDTLLPTIFEIDALFSSTPLR
QNMPQHMFQRLKEGYRNIIIAIVDYGVISYIRLSDVCFEE
KVYTDFSKKGSKRKRVSKKFQQLV_
Coloreado en 0.002 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
Ejemplo del fichero segundo, con la información de la proteína:
Using text Syntax Highlighting
>DNA1
atgcctaccattctcgtcatcaatccaaactcttccaccttcatcacaac
atccatggaagaaaaactcgttcccctagtgccttcagatgtaaagttgc
gctttctaacttgtcctcaacccggtgctgctgtcatcgactccatcaca
gaggcaaccttgacagctgctctagtcttccaagccctaactcctagtgt
cttggatggtgtcgatgctatagctgttgcctgttattcccccactcctc
tagtcgacatgattcgtgagtcatttgctttaccctgcatgggcattgtg
caagcgtctgtcctcagtgccttatcggttggtcagcgcatcggcatcct
tacaagtacatatcgttccgaatgtttgctttacgaattactcgattctt
ttggtgtttcgcgcactcgagtggccgccattgcttctacaggtcgcaca
gttttgcaactttcgcaaatgccttcacaagagcgtgaaacccttcttgt
ccaaaaggcccaagaactggcaaacacaaagggtgcagatgtcatttgtt
taggtggtgctgctttagcagctattcgtgatcagattcaggttgccgta
ggtcccaatattcccatcattgatggtgtacatgcggctgttgagttact
tgctggcctagctcgtcaaaatcttcatacatcaaagtttggcatctata
cgtatccataa
>PROT1
MPTILVINPNSSTFITTSMEEKLVPLVPSDVKLRFLTCPQ
PGAAVIDSITEATLTAALVFQALTPSVLDGVDAIAVACYS
PTPLVDMIRESFALPCMGIVQASVLSALSVGQRIGILTST
YRSECLLYELLDSFGVSRTRVAAIASTGRTVLQLSQMPSQ
ERETLLVQKAQELANTKGADVICLGGAALAAIRDQIQVAV
GPNIPIIDGVHAAVELLAGLARQNLHTSKFGIYTYP_
atgcctaccattctcgtcatcaatccaaactcttccaccttcatcacaac
atccatggaagaaaaactcgttcccctagtgccttcagatgtaaagttgc
gctttctaacttgtcctcaacccggtgctgctgtcatcgactccatcaca
gaggcaaccttgacagctgctctagtcttccaagccctaactcctagtgt
cttggatggtgtcgatgctatagctgttgcctgttattcccccactcctc
tagtcgacatgattcgtgagtcatttgctttaccctgcatgggcattgtg
caagcgtctgtcctcagtgccttatcggttggtcagcgcatcggcatcct
tacaagtacatatcgttccgaatgtttgctttacgaattactcgattctt
ttggtgtttcgcgcactcgagtggccgccattgcttctacaggtcgcaca
gttttgcaactttcgcaaatgccttcacaagagcgtgaaacccttcttgt
ccaaaaggcccaagaactggcaaacacaaagggtgcagatgtcatttgtt
taggtggtgctgctttagcagctattcgtgatcagattcaggttgccgta
ggtcccaatattcccatcattgatggtgtacatgcggctgttgagttact
tgctggcctagctcgtcaaaatcttcatacatcaaagtttggcatctata
cgtatccataa
>PROT1
MPTILVINPNSSTFITTSMEEKLVPLVPSDVKLRFLTCPQ
PGAAVIDSITEATLTAALVFQALTPSVLDGVDAIAVACYS
PTPLVDMIRESFALPCMGIVQASVLSALSVGQRIGILTST
YRSECLLYELLDSFGVSRTRVAAIASTGRTVLQLSQMPSQ
ERETLLVQKAQELANTKGADVICLGGAALAAIRDQIQVAV
GPNIPIIDGVHAAVELLAGLARQNLHTSKFGIYTYP_
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
Con los dos ficheros anteriores, la salida sería así:
Using text Syntax Highlighting
En total hay 147 cambios
1 ATGCCTACCATT CTCGTCATCAAT CCAAACTCTTCC ACCTTCATCACA
1 * * * * * * * * * * * *
1 ATGCCTACTATT TTGGTTATTAAT CCTAATTCTTCT ACTTTTATTACT
49 ACATCCATGGAA GAAAAACTCGTT CCCCTAGTGCCT TCAGATGTAAAG
49 * * * * ** * * * * *
49 ACTTCTATGGAA GAAAAATTGGTT CCTTTGGTTCCT TCTGATGTTAAA
97 TTGCGCTTTCTA ACTTGTCCTCAA CCCGGTGCTGCT GTCATCGACTCC
97 * * * * * * * *
97 TTGCGTTTTTTG ACTTGTCCTCAA CCTGGTGCTGCT GTTATTGATTCT
145 ATCACAGAGGCA ACCTTGACAGCT GCTCTAGTCTTC CAAGCCCTAACT
145 * * * * * * * * * * ** *
145 ATTACTGAAGCT ACTTTGACTGCT GCTTTGGTTTTT CAAGCTTTGACT
193 CCTAGTGTCTTG GATGGTGTCGAT GCTATAGCTGTT GCCTGTTATTCC
193 ** * * * * *
193 CCTTCTGTTTTG GATGGTGTTGAT GCTATTGCTGTT GCTTGTTATTCT
241 CCCACTCCTCTA GTCGACATGATT CGTGAGTCATTT GCTTTACCCTGC
241 * * * * * * * * * *
241 CCTACTCCTTTG GTTGATATGATT CGTGAATCTTTT GCTTTGCCTTGT
289 ATGGGCATTGTG CAAGCGTCTGTC CTCAGTGCCTTA TCGGTTGGTCAG
289 * * * * * *** * * * *
289 ATGGGTATTGTT CAAGCTTCTGTT TTGTCTGCTTTG TCTGTTGGTCAA
337 CGCATCGGCATC CTTACAAGTACA TATCGTTCCGAA TGTTTGCTTTAC
337 * * * * * * *** * * * * *
337 CGTATTGGTATT TTGACTTCTACT TATCGTTCTGAA TGTTTGTTGTAT
385 GAATTACTCGAT TCTTTTGGTGTT TCGCGCACTCGA GTGGCCGCCATT
385 ** * * * * * * *
385 GAATTGTTGGAT TCTTTTGGTGTT TCTCGTACTCGT GTTGCTGCTATT
433 GCTTCTACAGGT CGCACAGTTTTG CAACTTTCGCAA ATGCCTTCACAA
433 * * * * * * *
433 GCTTCTACTGGT CGTACTGTTTTG CAATTGTCTCAA ATGCCTTCTCAA
481 GAGCGTGAAACC CTTCTTGTCCAA AAGGCCCAAGAA CTGGCAAACACA
481 * * * ** * * * * * * * *
481 GAACGTGAAACT TTGTTGGTTCAA AAAGCTCAAGAA TTGGCTAATACT
529 AAGGGTGCAGAT GTCATTTGTTTA GGTGGTGCTGCT TTAGCAGCTATT
529 * * * * * *
529 AAAGGTGCTGAT GTTATTTGTTTG GGTGGTGCTGCT TTGGCTGCTATT
577 CGTGATCAGATT CAGGTTGCCGTA GGTCCCAATATT CCCATCATTGAT
577 * * * * * * *
577 CGTGATCAAATT CAAGTTGCTGTT GGTCCTAATATT CCTATTATTGAT
625 GGTGTACATGCG GCTGTTGAGTTA CTTGCTGGCCTA GCTCGTCAAAAT
625 * * * * * * ** *
625 GGTGTTCATGCT GCTGTTGAATTG TTGGCTGGTTTG GCTCGTCAAAAT
673 CTTCATACATCA AAGTTTGGCATC TATACGTATCCA TAA
673 * * * * * * * * *
673 TTGCATACTTCT AAATTTGGTATT TATACTTATCCT TAA
1 ATGCCTACCATT CTCGTCATCAAT CCAAACTCTTCC ACCTTCATCACA
1 * * * * * * * * * * * *
1 ATGCCTACTATT TTGGTTATTAAT CCTAATTCTTCT ACTTTTATTACT
49 ACATCCATGGAA GAAAAACTCGTT CCCCTAGTGCCT TCAGATGTAAAG
49 * * * * ** * * * * *
49 ACTTCTATGGAA GAAAAATTGGTT CCTTTGGTTCCT TCTGATGTTAAA
97 TTGCGCTTTCTA ACTTGTCCTCAA CCCGGTGCTGCT GTCATCGACTCC
97 * * * * * * * *
97 TTGCGTTTTTTG ACTTGTCCTCAA CCTGGTGCTGCT GTTATTGATTCT
145 ATCACAGAGGCA ACCTTGACAGCT GCTCTAGTCTTC CAAGCCCTAACT
145 * * * * * * * * * * ** *
145 ATTACTGAAGCT ACTTTGACTGCT GCTTTGGTTTTT CAAGCTTTGACT
193 CCTAGTGTCTTG GATGGTGTCGAT GCTATAGCTGTT GCCTGTTATTCC
193 ** * * * * *
193 CCTTCTGTTTTG GATGGTGTTGAT GCTATTGCTGTT GCTTGTTATTCT
241 CCCACTCCTCTA GTCGACATGATT CGTGAGTCATTT GCTTTACCCTGC
241 * * * * * * * * * *
241 CCTACTCCTTTG GTTGATATGATT CGTGAATCTTTT GCTTTGCCTTGT
289 ATGGGCATTGTG CAAGCGTCTGTC CTCAGTGCCTTA TCGGTTGGTCAG
289 * * * * * *** * * * *
289 ATGGGTATTGTT CAAGCTTCTGTT TTGTCTGCTTTG TCTGTTGGTCAA
337 CGCATCGGCATC CTTACAAGTACA TATCGTTCCGAA TGTTTGCTTTAC
337 * * * * * * *** * * * * *
337 CGTATTGGTATT TTGACTTCTACT TATCGTTCTGAA TGTTTGTTGTAT
385 GAATTACTCGAT TCTTTTGGTGTT TCGCGCACTCGA GTGGCCGCCATT
385 ** * * * * * * *
385 GAATTGTTGGAT TCTTTTGGTGTT TCTCGTACTCGT GTTGCTGCTATT
433 GCTTCTACAGGT CGCACAGTTTTG CAACTTTCGCAA ATGCCTTCACAA
433 * * * * * * *
433 GCTTCTACTGGT CGTACTGTTTTG CAATTGTCTCAA ATGCCTTCTCAA
481 GAGCGTGAAACC CTTCTTGTCCAA AAGGCCCAAGAA CTGGCAAACACA
481 * * * ** * * * * * * * *
481 GAACGTGAAACT TTGTTGGTTCAA AAAGCTCAAGAA TTGGCTAATACT
529 AAGGGTGCAGAT GTCATTTGTTTA GGTGGTGCTGCT TTAGCAGCTATT
529 * * * * * *
529 AAAGGTGCTGAT GTTATTTGTTTG GGTGGTGCTGCT TTGGCTGCTATT
577 CGTGATCAGATT CAGGTTGCCGTA GGTCCCAATATT CCCATCATTGAT
577 * * * * * * *
577 CGTGATCAAATT CAAGTTGCTGTT GGTCCTAATATT CCTATTATTGAT
625 GGTGTACATGCG GCTGTTGAGTTA CTTGCTGGCCTA GCTCGTCAAAAT
625 * * * * * * ** *
625 GGTGTTCATGCT GCTGTTGAATTG TTGGCTGGTTTG GCTCGTCAAAAT
673 CTTCATACATCA AAGTTTGGCATC TATACGTATCCA TAA
673 * * * * * * * * *
673 TTGCATACTTCT AAATTTGGTATT TATACTTATCCT TAA
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
Límite de plazo de entrega: 15 de enero de 2010.
Defensa del programa: 18 de enero de 2010.