Foro - Perl en Español

Publicado: **2010-08-24 12:22 @556**

«Erróneamente decimos que queremos generar todas las posibles 'combinaciones' de n letras, nucleótidos o aminoácidos cuando el término correcto sería 'permutaciones con repetición' (Combinations & permutations). Por ejemplo, las 16 posibles permutaciones con repetición de 2 nucleótidos serían: AA, AC, AG, AT, CA, CC, CG, CT, GA, GC, GG, GT, TA, TC, TG, TT. El número de permutaciones con repetición de n nucleótidos es 4^n y de n aminoácidos 20^n.»

Artículo

Publicado: **2010-08-24 12:25 @559**

Soluciones en varios Perl distintos.

Perl v6: solución para dos nucleótidos

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Using perl Syntax Highlighting

use v6;

say (<A C T G> X~<A C T G>).join('-');Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Perl v6: solución para cuatro nucleótidos

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Using perl Syntax Highlighting

use v6;
my@a=<A T C G>;

say ((@a X~@a) X~(@a X~@a)).join(' ');Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Perl v5, con el módulo Algorithm::Combinatorics, de Xavier Noria, que implementa algunas de las funciones de combinatoria, pero escritas en puro C compilado.

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Using perl Syntax Highlighting

use Algorithm::Combinatorics"variations_with_repetition";
my@permutaciones= variations_with_repetition([qw(A T C G)], 4);
for$c(@permutaciones){
print@$c,"\n";
}Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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bioinfo: Generar las posibles combinaciones de n nucleótidos

bioinfo: Generar las posibles combinaciones de n nucleótidos

Re: bioinfo: Generar las posibles combinaciones de n nucleótidos