Foro - Perl en Español

Hola:

Tengo que hacer una tarea en Perl en la cual debo hacer un histograma de frecuencias de los puntajes al azar y tomar la proporción de éstos que son mayores o iguales al puntaje de la pareja de secuencias (significatividad).

Y los datos para hacer el histograma los debo obtener tomando una muestra de n parejas de secuencias aleatorias y alinearlas usando el método de alineamiento local Smith-Waterman implementado en, por ejemplo, EMBOSS. Para hacer el alineamiento se sugiere usar los parámetros por defecto.

El número de muestra se puede obtener empíricamente calculando a cada nuevo alineamiento al azar y puntaje, el % de significatividad. Este valor debería tornarse más estable a cada iteración.

Por favor, necesito ayuda en esto. Ojalá puedan ayudarme.

Gracias.

Hola maryela.

Sería de mucha utilidad si pudieses poner un ejemplo de lo que hay que hacer (entrada, procedimiento y salida), ya que personalmente no me queda muy claro con lo mencionado.

Saludos.

Ya somos dos, lo he leído tres veces y aún no sé de qué va Seguramente podría descifrarlo echándole tiempo pero mejor si elaboras la pregunta como si el que te va a leer no tuviera ni idea del tema.

Imagino que necesitarás al menos la función rand() o algo similar, o directamente tirar del módulo Bio::Emboss y/o Bio::Graphics::Browser2::Realign.

Bienvenida a los foros de Perl en español, maryela.

Te podemos ayudar en tu tarea, pero solo dando pistas. Aquí no estamos para hacer las tareas de clase.

Es mejor que pongas algo del código que hayas hecho.

En el resto de hilos de este subforo de Bioinformática, hay algunos relativos a la creación de secuencias aleatorias de ADN.

En cuanto al alineamiento, como tienes que usar EMBOSS, pues entonces lo más cómodo es llamar desde Perl a las utilerías de este paquete. Cuando sepas más, podrás hacerlo con BioPerl. En el wiki de BioPerl hay algunas referencias a dicho algoritmo. Por ejemplo, este programa que hace uso del módulo Bio::Tools::pSW, que implementa ese alineamiento.

Hola,
Ya lo solucionééééé... Muchas gracias de todas maneras.

Ahora tengo otro problema, y es extraer los CDS de un formato genbank con lenguaje BioPerl. Aquí encontré un programa que lo hace pero está en Perl y tengo que hacerlo en BioPerl. Ojalá me puedan ayudar en esto...

Muuuuchaaas gracias.

Pd: adjuntaré el archivo de lo que tengo que hacer, porque estoy bastante complicada con esto.

Humm... ¿Debo iniciar otro tema con esto último en el foro o está bien aquí?

Si no tiene nada que ver con el asunto anterior, es mejor empezar un hilo nuevo.