Foro - Perl en Español

Publicado: **2005-12-05 11:43 @530**

Me refiero a que si por ejemplo tengo una variable:

$cadena = "ATCGTCATGC";

necesito acceder "cómodamente" y varias veces sin cambiar el contenido de la cadena a diferentes posiciones: cadena[2], cadena[3], etc...

Esto lo podría hacer si la cadena fuera una lista pero es un parámetro de entrada...¿ hay una forma fácil de transformar una variable en una lista? ¿O alguna forma de acceder que no haya sabido ver en los tutoriales? :S

Muchas gracias... (es mucho más sencillo de como lo he explicado, sorry :s)

Publicado: **2005-12-05 12:37 @567**

¿Qué tal?

Lo mas sano ( sencillo y rápido ) sería utilizar substr. De esta manera, puedes acceder no solo a una sola posición, sino a una subcadena completa o incluso modificarla utilizándolo como lvalue:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

my $str = 'foo bar baz';
my $f   = substr( $str, 0, 1 ); # extrae 'f'
my $b   = substr( $str, 4, 1 ); # extrae 1 carácter desde la posición 4: 'b'
my $foo = substr( $str, 0, 3 ); # extrae 'foo'
my $bar = substr( $str, 4, 3 ); # extrae 'bar'
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Ahora bien... si quisieras representar tu cadena como un objeto similarmente a como lo hace Java y poder tener operaciones propias para manipularlo, puedes utilizar el módulo String:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

my $str = String->new( "foo bar baz" );
print $str->charAt( 4 ); # imprime 'b'
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Saludos,

Publicado: **2005-12-05 12:44 @572**

Puedes crear una nueva variable, un array, con una representación, en lista, de los caracteres de la variable.

Si además la llamas de la misma manera, mejoras el entendimiento del programa, siempre y cuando tengas luego muy claro cuál quieres modificar y cuál no.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

my $cadena = "ATCGTCATGC";
my @cadena = split //, $cadena;
print $cadena[1]; # T
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Si vas a manejar secuencias de ADN, supongo que estarás usando el paquete BioPerl...

Publicado: **2005-12-05 12:56 @581**

¡¡¡Muchas gracias a los dos!!!

Utilizaré la segunda opción con split()

¡¡Sois unos cielos!!

P.D.: gracias por el BioPerl

¡¡Me lo miro ahora mismo!! Aun estoy muuuy verde :oops:

Publicado: **2005-12-05 13:34 @607**

Se podría hacer así (no probado):

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Using perl Syntax Highlighting

use Bio::Seq;
 
# crear secuencia
$seqobj = Bio::PrimarySeq->new (
    -seq => 'ATCGTCATGC',
    -id  => 'GeneFragment-12',
    -accession_number => 'X78121',
    -alphabet => 'dna',
    -is_circular => 1
);
print $seqobj->seq();       # ATCGTCATGC
print $seqobj->subseq(4,7); # GTCA
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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Cómo pasar de "Variable" a "Lista"

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