Obtener tabla consenso de varias tablas anteriores
Publicado: 2012-02-16 12:03 @544
¡¡¡Hola, qué tal, muy lindo día!!!
Tengo algo atorado este programa y necesito su ayuda. Lo que yo necesito es que a partir de unas tablas de entrada
como estas:
quiero obtener una sola que contenga todos los genes (la primera columna) que correspondan a los archivos y a los que no se encuentren en uno u otro les pongo un 1. Hasta ahorita solo saca un archivo de cada uno duplicando valores y no los he relacionado. Agradecería mucho su apoyo.
Tengo algo atorado este programa y necesito su ayuda. Lo que yo necesito es que a partir de unas tablas de entrada
como estas:
Using text Syntax Highlighting
ENSMUSG00000000001 1488
ENSMUSG00000000028 203
ENSMUSG00000000049 3
ENSMUSG00000000056 192
ENSMUSG00000000058 199
ENSMUSG00000000078 912
ENSMUSG00000000085 150
ENSMUSG00000000028 203
ENSMUSG00000000049 3
ENSMUSG00000000056 192
ENSMUSG00000000058 199
ENSMUSG00000000078 912
ENSMUSG00000000085 150
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quiero obtener una sola que contenga todos los genes (la primera columna) que correspondan a los archivos y a los que no se encuentren en uno u otro les pongo un 1. Hasta ahorita solo saca un archivo de cada uno duplicando valores y no los he relacionado. Agradecería mucho su apoyo.
Using perl Syntax Highlighting
- #!/usr/bin/perl -w
- use lib "$ENV{'HOME'}/perl";
- use yo qw(:DEFAULT);
- use Data::Dumper; # Hint: print Dumper(\@cosa);
- #use strict;
- my @entrada_tbl = </data/uuab/adriana/*.tbl>;
- foreach my $file_tbl (@entrada_tbl) {
- open IN, $file_tbl or die "Cant read $file_tbl\n";
- open( OUT, ">$file_tbl.tbl1" );
- my ( %in, %exp );
- while (<IN>) {
- next unless /^EN/;
- my ( $gen, $val ) = split;
- $exp{$gen} = $val;
- $exp{$val}++;
- $in{$gen}++;
- }
- foreach my $gen ( sort keys %in ) {
- $exp{$gen} ||= 1;
- $exp{$gen}++;
- print OUT "$gen\t$exp{$gen}\t$exp{$gen}\t$exp{$gen}\n";
- }
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