Muchas gracias,
Ya he realizado pruebas, he agregado un
glyph en /usr/local/share/perl/5.12.4/Bio/Graphics/Glyph y éste hereda del
generic, mi glifo agregado se llama prueba.pm, lo mando a llamar en el siguiente código:
Using perl Syntax Highlighting
#!/usr/bin/perl
# This is code example 1 in the Graphics-HOWTO
use strict;
use Bio::Graphics;
use Bio::SeqFeature::Generic;
my $panel = Bio::Graphics::Panel->new(
-length => 1000,
-width => 800
);
my $track = $panel->add_track(
-glyph => 'prueba',
-label => 1
);
while (<>) { # read blast file
chomp;
next if /^\#/; # ignore comments
my($name,$score,$start,$end) = split /\t+/;
my $feature = Bio::SeqFeature::Generic->new(
-display_name => $name,
-score => $score,
-start => $start,
-end => $end
);
$track->add_feature($feature);
}
print $panel->png;
Coloreado en 0.003 segundos, usando
GeSHi 1.0.8.4
Al ejecutar genera el siguiente error
Can't locate object method "new" via package "Bio::Graphics::Glyph::prueba" at /usr/local/share/perl/5.12.4/Bio/Graphics/Glyph/Factory.pm line 324, <> line 2.
display: no decode delegate for this image format `/tmp/magick-XX3xLN4z' @ error/constitute.c/ReadImage/533.Sin embargo si modifico un existente (por ejemplo broken_line.pm) ejecuta correctamente, no sé si se tenga que dar de alta el .pm en algún otro archivo de la librería.
Saludos
jsgarcia
Publicado: 2012-02-17 11:09 @506