Búsqueda negada de secuencias de aminoácidos
Publicado: 2012-02-27 11:37 @525
Estimados,
Estoy analizando alrededor de 3500 proteínas y me doy con la sorpresa de que algunas proteínas empiezan con otro AMINOÁCIDO (verde) que no es METIONINA (rojo), por ejemplo:
>gen_1
MEDGFGGLDLGK0VERVVERVMVEVVMFIG......
>gen_2
GVBFPDBFBDFBMFDOBDFBBDFBFB......
Entonces, para analizar las que no comienzan con M, traté de modificar algunos scripts en Perl, que se encargan de extraer secuencias, pero sin éxito. Os agradecería que me des una mano en este problema, como verás no tengo 10 secuencias sino 3500 y hacerlas a mano es un gran problema.
Muchas gracias de antemano
Saludos,
Manuel3180
Estoy analizando alrededor de 3500 proteínas y me doy con la sorpresa de que algunas proteínas empiezan con otro AMINOÁCIDO (verde) que no es METIONINA (rojo), por ejemplo:
>gen_1
MEDGFGGLDLGK0VERVVERVMVEVVMFIG......
>gen_2
GVBFPDBFBDFBMFDOBDFBBDFBFB......
Entonces, para analizar las que no comienzan con M, traté de modificar algunos scripts en Perl, que se encargan de extraer secuencias, pero sin éxito. Os agradecería que me des una mano en este problema, como verás no tengo 10 secuencias sino 3500 y hacerlas a mano es un gran problema.
Muchas gracias de antemano
Saludos,
Manuel3180