Extracción secuencia
Publicado: 2006-01-23 19:53 @870
Hola actualmente me encuentro desarrollando un proyecto usando Perl... tengo un fichero denominado $seq el cual contiene una serie de secuencias en cada línea ... adicionalmente tengo una base de datos llamada $dat_bas... la idea es que debo tomar cada línea de mi fichero $seq y lo enfrento con la base de datos... cada vez que haya una coincidencia con la base de datos y la secuencia debo tomar los 100 elementos que se encuentran antes del inicio de la secuencia y los 100 elementos al final de la secuencia:
cuando mi secuencia coincida yo debo generar un nuevo string que contenga los 100 elementos que están antes del inicio de mi secuencia y los 100 que están después del último elemento de mi secuencia... incluyendo mi secuencia y si es posible estableciendo la posición dentro de la base de datos y generar una salida en un nuevo fichero... Bueno, espero me puedan orientar... Gracias...
Using perl Syntax Highlighting
$seq = 'fgvodffoslssk'; # esta es una línea
$dat_bas = 'aslkddjcncxxnflldkskdjfhfhiru<span style="font-weight: bold">fgvodffoslssk</span>asdfghjklmnbv'; # este es un ejemplo de un segmento de la DB..
$dat_bas = 'aslkddjcncxxnflldkskdjfhfhiru<span style="font-weight: bold">fgvodffoslssk</span>asdfghjklmnbv'; # este es un ejemplo de un segmento de la DB..
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cuando mi secuencia coincida yo debo generar un nuevo string que contenga los 100 elementos que están antes del inicio de mi secuencia y los 100 que están después del último elemento de mi secuencia... incluyendo mi secuencia y si es posible estableciendo la posición dentro de la base de datos y generar una salida en un nuevo fichero... Bueno, espero me puedan orientar... Gracias...