Enumerar codones adecuadamente
Publicado: 2012-10-17 16:53 @745
Hola a todos:
Estoy tratando de hacer un programa que me indique el número de codones y que me diga los que empiezan con la letra A, G, T y C. He hecho algo básico con expresiones regulares muy básicas. Obtengo el número de codones que hay en mi secuencia pero a la hora de contar los codones con A, G, T y C me los lee todos revueltos y yo quiero la lectura cada tres y en ese orden.
Les dejo mi código.
Gracias
Estoy tratando de hacer un programa que me indique el número de codones y que me diga los que empiezan con la letra A, G, T y C. He hecho algo básico con expresiones regulares muy básicas. Obtengo el número de codones que hay en mi secuencia pero a la hora de contar los codones con A, G, T y C me los lee todos revueltos y yo quiero la lectura cada tres y en ese orden.
Les dejo mi código.
Using perl Syntax Highlighting
- #!/usr/bin/perl -w
- use strict;
- my $secuencia = "ATGAAACGCATTAGCACC";
- my $codon1 = 'A..';
- my $codon2 = 'G..';
- my $codon3 = 'T..';
- my $codon4 = 'C..';
- my $codon5 = '...';
- my ( $res1, $res2, $res3, $res4, $res5 ) = ( 0, 0, 0, 0, 0 );
- while ( $secuencia =~ /$codon1/g ) {
- $res1++;
- }
- while ( $secuencia =~ /$codon2/g ) {
- $res2++;
- }
- while ( $secuencia =~ /$codon3/g ) {
- $res3++;
- }
- while ( $secuencia =~ /$codon4/g ) {
- $res4++;
- }
- while ( $secuencia =~ /$codon5/g ) {
- $res5++;
- }
- print "Los codones que empiezan con A son: $res1\n";
- print "Los codones que empiezan con G son: $res2\n";
- print "Los codones que empiezan con T son: $res3\n";
- print "Los codones que empiezan con C son: $res4\n";
- print "El numero total de codones es: $res5\n";
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Gracias