bioinfo: comparando secuencias de igual longitud
Publicado: 2012-12-25 14:54 @663«Hola,
hoy quería compartir recetas en Perl para la comparación eficiente de secuencias de igual longitud. Las dos funciones que vamos a ver devuelven como resultado listas con las posiciones (contando desde 0) en las que difieren dos secuencias.
Para qué sirve esto? En general, para calcular distancias de edición (edit distances); en bioinformática es una manera, por ejemplo, de comparar oligos de igual longitud o secuencias extraídas de un alineamiento múltilple, incluyendo gaps. El siguiente código fuente incluye una subrutina en Perl (con el operador binario ^ y la función pos) y otra en C embebido para hacer la misma operación por dos caminos: »
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hoy quería compartir recetas en Perl para la comparación eficiente de secuencias de igual longitud. Las dos funciones que vamos a ver devuelven como resultado listas con las posiciones (contando desde 0) en las que difieren dos secuencias.
Para qué sirve esto? En general, para calcular distancias de edición (edit distances); en bioinformática es una manera, por ejemplo, de comparar oligos de igual longitud o secuencias extraídas de un alineamiento múltilple, incluyendo gaps. El siguiente código fuente incluye una subrutina en Perl (con el operador binario ^ y la función pos) y otra en C embebido para hacer la misma operación por dos caminos: »
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