Foro - Perl en Español

Publicado: **2013-04-19 21:24 @933**

Hola, soy nuevo en esto del Perl y llevo días documentándome y buscando pero no consigo hacer un programa. Tengo que hacer un programa con Perl que me abra un fichero en formato FASTA, me traduzca una secuencia de proteína a DNA y después buscar la complementaria. También me tendría que buscar la ID de la secuencia.

Un ejemplo del archivo FASTA que tendría sería:

Sintáxis: (Fasta.txt) [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>sp|P22607|FGFR3_HUMAN Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Homo sapiens GN=FGFR3 PE=1 SV=1

MGAPACALALCVAVAIVAGASSESLGTEQRVVGRAAEVPGPEPGQQEQLVFGSGDAVELS

CPPPGGGPMGPTVWVKDGTGLVPSERVLVGPQRLQVLNASHEDSGAYSCRQRLTQRVLCH

FSVRVTDAPSSGDDEDGEDEAEDTGVDTGAPYWTRPERMDKKLLAVPAANTVRFRCPAAG

NPTPSISWLKNGREFRGEHRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDRGNYTCVVENKFGSIRQT

YTLDVLERSPHRPILQAGLPANQTAVLGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVEVNGSKVGP

DGTPYVTVLKTAGANTTDKELEVLSLHNVTFEDAGEYTCLAGNSIGFSHHSAWLVVLPAE

EELVEADEAGSVYAGILSYGVGFFLFILVVAAVTLCRLRSPPKKGLGSPTVHKISRFPLK

RQVSLESNASMSSNTPLVRIARLSSGEGPTLANVSELELPADPKWELSRARLTLGKPLGE

GCFGQVVMAEAIGIDKDRAAKPVTVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIIN

LLGACTQGGPLYVLVEYAAKGNLREFLRARRPPGLDYSFDTCKPPEEQLTFKDLVSCAYQ

VARGMEYLASQKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNLDYYKKTTNGRLPVKW

MAPEALFDRVYTHQSDVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPANCT

HDLYMIMRECWHAAPSQRPTFKQLVEDLDRVLTVTSTDEYLDLSAPFEQYSPGGQDTPSS

SSSGDDSVFAHDLLPPAPPSSGGSRT

>sp|Q9I8X3|FGFR3_DANRE Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Danio rerio GN=fgfr3 PE=2 SV=1

MVPLCLLLYLATLVFPPVYSAHLLSPEPTDWVSSEVEVFLEDYVAGVGDTVVLSCTPQDF

LLPIVWQKDGDAVSSSNRTRVGQKALRIINVSYEDSGVYSCRHAHKSMLLSNYTVKVIDS

LSSGDDEDYDEDEDEAGNGNAEAPYWTRSDRMEKKLLAVPAANTVKFRCPAAGNPTPSIH

WLKNGKEFKGEQRMGGIKLRHQQWSLVMESAVPSDRGNYTCVVQNKYGSIKHTYQLDVLE

RSPHRPILQAGLPANQTVVVGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHIEVNGSQYGPNGAPYVN

VLKTAGINTTDKELEILYLTNVSFEDAGQYTCLAGNSIGYNHHSAWLTVLPAVEMEREDD

YADILIYVTSCVLFILTMVIIILCRMWINTQKTLPAPPVQKLSKFPLKRQVSLESNSSMN

SNTPLVRIARLSSSDGPMLPNVSELELPSDPKWEFTRTKLTLGKPLGEGCFGQVVMAEAI

GIDKEKPNKPLTVAVKMLKDDGTDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIINLLGACTQDGPLY

VLVEYASKGNLREYLRARRPPGMDYSFDTCKIPNETLTFKDLVSCAYQVARGMEYLASKK

CIHRDPAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNIDYYKKTTNGRLPVKWMAPEALFDRVYT

HQSDVWSYGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPANCTHELYMIMRECWH

AVPSQRPTFRQLVEDHDRVLSMTSTDEYLDLSVPFEQYSPTCPDSNSTCSSGDDSVFAHD

PLPEEPCLPKHHHSNGVIRT

>sp|Q91287|FGFR3_PLEWA Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Pleurodeles waltl GN=FGFR3 PE=2 SV=1

MLVWLCGLCLVTLAGGRSAARLPLTEGRPTADFLPGDASLVEELLFGTGDTIELSCTTPG

SSVSVVWFKDGISVDPPTWSHTGQKLLKIINVSYDDSGVYSCKARQSSEVLRNVTVRVTD

SPSSGDDEDDDEESESANAPKFTRPEWMEKKLLAVPAANTVRFRCPAAGKPTPSITWLKN

GKEFKGEHRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDRGNYTCVVANKYGTIRETYTLDVLERTPH

RPILQAGFRSNKTVVVGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVEVNGSKFGPDGNPYVTVLKT

AGVNTSDKELEIQFLRNVTFEDAGEYTCLAGNSIGYSHHSAWLTVLPPAEPVPDVDTSVS

ILAAAGCVAVVILVVIIIFTYKMKMPSKKTMNTATVHKVSKFPLKRQVSLESNSSMNSNT

PLVRITRLSSSDGPMLANVSELELPADPKWELSRSRLTLGKPLGEGCFGQVVMADAVGIE

KDKPNKATSVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIINLLGACTQDGPLYVLV

EYASKGNLREYLRARRPPGMDYSFDTCKLPEEQLTFKDLVSCAYQVARGMEYLASQKCIH

RDLAARNVLVTDDNVMKIADFGLARDVHNIDYYKKTTNGRLPVKWMAPEALFDRVYTHQS

DVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPANCTHELYMIMRECWHAVP

SQRPTFKQLVEDLDRVLTVTSTDEYLDLSVPFEQYSPACPDSHSSCSSGDDSVFAHDLPE

EPCLPKHQQYNGVIRT

>sp|O42127|FGFR3_XENLA Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Xenopus laevis GN=fgfr3 PE=2 SV=1

MVSVNGVPAARLPVTLPGEDRASRKAPDYLMVEQPPFDELMYTIGETIELSCAAEDASTT

TKWCKDGIGIVPNNRTSTRQGLLKIINVSSDDSGIYSCRLWHSTEILRNFTIRVTDLPSS

GDDEDDDDDDDDETEDREPPRWTQPERMEKKLIAVPAANTIRFRCPAAGNPTPTIHWLKN

GKEFRGEHRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDKGNYTCVVENKYGSIRQTYQLDVLERSSH

RPILQAGLPGNQTVVLGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVEVNGSKYGPDGDPYVSVLQS

FINGTEVDSTLSLKNVTETNEGQYVCRANNFIGVAEASFWLHIYKPAPAEPVEKALTTSS

SSITVLIVVTSTIVFILLVIIVITHLMKVPSKKSMTAPPVHKVSKFPLKRQQVSLESNSS

MNSNTPLVRITHLSSSDGTMLANVSELGLPLDPKWELLRSRLTLGKPLGEGCFGQVVMAE

AIGIDKERPNKPATVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIINLLGACTQDGP

LYVLVEYASKGSLREYLKARRPPGMDYSFDACKIPAEQLTFKDLVSCAYQVARGMEYLAS

QKCIHRDLAARNVLVTDDNVMKIADFGLARDIHNIDYYKKTTNGRLPVKWMAPEALFDRI

YTHHSDVWSYGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPANCTHELYMIMREC

WHAVPSQRPAFKQLVEDLDRVLTVTSTNEYLDLSVAFEQYSPPSQDSHSTCSSGDDSVFA

HDILPDEPCLPKHQQHNGAIPT

>sp|Q61851|FGFR3_MOUSE Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Mus musculus GN=Fgfr3 PE=1 SV=1

MVVPACVLVFCVAVVAGATSEPPGPEQRVVRRAAEVPGPEPSQQEQVAFGSGDTVELSCH

PPGGAPTGPTVWAKDGTGLVASHRILVGPQRLQVLNASHEDAGVYSCQHRLTRRVLCHFS

VRVTDAPSSGDDEDGEDVAEDTGAPYWTRPERMDKKLLAVPAANTVRFRCPAAGNPTPSI

SWLKNGKEFRGEHRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDRGNYTCVVENKFGSIRQTYTLDVL

ERSPHRPILQAGLPANQTAILGSDVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVEVNGSKVGPDGTPYV

TVLKTAGANTTDKELEVLSLHNVTFEDAGEYTCLAGNSIGFSHHSAWLVVLPAEEELMET

DEAGSVYAGVLSYGVVFFLFILVVAAVILCRLRSPPKKGLGSPTVHKVSRFPLKRQVSLE

SNSSMNSNTPLVRIARLSSGEGPVLANVSELELPADPKWELSRTRLTLGKPLGEGCFGQV

VMAEAIGIDKDRTAKPVTVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIINLLGACT

QGGPLYVLVEYAAKGNLREFLRARRPPGMDYSFDACRLPEEQLTCKDLVSCAYQVARGME

YLASQKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNLDYYKKTTNGRLPVKWMAPEAL

FDRVYTHQSDVWSFGVLLWEIFTPGGPSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPASCTHDLYM

IMRECWHAVPSQRPTFKQLVEDLDRILTVTSTDEYLDLSVPFEQYSPGGQDTPSSSSSGD

DSVFTHDLLPPGPPSNGGPRT

>sp|P18460|FGFR3_CHICK Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Gallus gallus GN=FGFR3 PE=2 SV=1

MRAAWGSVWCLCLAAAVGALPAARRRGAERSGGQAAEYLRSETAFLEELVFGSGDTIELS

CNTQSSSVSVFWFKDGIGIAPSNRTHIGQKLLKIINVSYDDSGLYSCKPRHSNEVLGNFT

VRVTDSPSSGDDEDDDDESEDTGVPFWTRPDKMEKKLLAVPAANTVRFRCPAGGNPTPTI

YWLKNGKEFKGEHRIGGIKLRHQQWSLVMESVVPSDRGNYTCVVENKYGNIRHTYQLDVL

ERSPHRPILQAGLPANQTVVVGSNVEFHCKVYSDAQPHIQWLKHVEVNGSKYGPDGTPYV

TVLKTAGVNTTDKELEILYLRNVTFEDAGEYTCLAGNSIGFSHHSAWLTVLPAEELMEMD

DSGSVYAGILSYGTGLVLFILVLVIVIICRMKMPNKKAMNTTTVQKVSKFPLKRQQVSLE

SNSSMNSNTPLVRITRLSSSDGPMLANVSELELPPDPKWELARSRLTLGKPLGEGCFGQV

VMAEAIGIDKDKPNKAITVAVKMLKDDATDKDLSDLVSEMEMMKMIGKHKNIINLLGACT

QDGPLYVLVEYASKGNLREYLRARRPPGMDYSFDTCKLPEEQLTFKDLVSCAYQVARGME

YLASQKCIHRDLAARNVLVTEDNVMKIADFGLARDVHNIDYYKKTTNGRLPVKWMAPEAL

FDRVYTHQSDVWSFGVLLWEIFTLGGSPYPGIPVEELFKLLKEGHRMDKPANCTHDLYMI

MRECWHAVPSQRPTFKQLVEDLDRVLTMTSTDEYLDLSVPFEQYSPAGQDTHSTCSSGDD

SVFAHDLLPDEPCLPKHVPCNGVIRTColoreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

De momento lo que he hecho es borrar los 4 primeros caracteres (>sp|) pero no sé cómo hacerlo para borrar lo siguiente... del símbolo '|' a un número, en este caso el 1, pero podría ser otro número (>sp|P22607|FGFR3_HUMAN Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Homo sapiens GN=FGFR3 PE=1 SV=1).

Una vez hecho esto tendría que poner la palabra "ID" delante de cada código de la proteína... Ej.: ID: P22607

Sé que para pasar a DNA y hacer la complementaria tendría que hacer algo así:

$_=~ s/I/auu/g;
$_=~ s/a/t/g;

También me piden que para cada aminoácido haga un porcentaje; me explico: si por ejemplo el aminoácido I se puede traducir a auu, aau y aaa tendría que salirme al azar de por ejemplo una probabilidad de que salgan auu, 10 %; aau, 40 %; y aaa, 50 %.

Espero haberme explicado y con solo alguna ayuda ya intentaré hacerlo yo.
Gracias.

Publicado: **2013-04-20 12:10 @549**

Bienvenido a los foros de Perl en Español, frido.

Por favor, revisa este foro de Bioinformática, porque seguro que encuentras muchos ejemplos que pueden ayudarte a resolver el problema.

Una forma de extraer el ID puede ser pensando que la línea entera se divide en campos separados por el carácter '|'. Entonces, puedes extraer el segundo campo, así:

@campos = split(/\|/, $linea);
$id = $campos[1];

siendo $linea, la línea de cabecera de registro FASTA.

Para la salida de una determinada traducción, según un porcentaje de probabilidad... se puede hacer de varias maneras. Una de ellas sería: sacar un número al azar con la función rand(). Y luego, para el caso de la 'I', por ejemplo,

si el número extraído es menor de 0.10, entonces elegimos auu, y terminamos
si el número extraído es menor de 0.50 (la suma de 10% y 40%), entonces elegimos aau, y terminamos
para todos los demás casos, elegimos aaa

Se podría hacer así (una de muchas maneras)

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use v5.14;
 
my @porcentajes = ( 0.1,   0.4,   0.5 );
my @secuencias  = ('auu', 'aau', 'aaa' );
 
my $aleatorio = rand;                                   # un valor igual y mayor que 0 y menor que 1
 
my $limite = 0;
my $adn    = $secuencias[0];                            # Valores por defecto
 
for my $i (0 .. $#porcentajes) {                        # recorremos todos los porcentajes
 
    $limite += $porcentajes[$i];
 
    if ($aleatorio <= $limite) {                        # encontrado rango
        $adn = $secuencias[$i];                         # seleccionamos la secuencia elegida
        last;                                           # terminamos el bucle
    }
}
 
say "$aleatorio => $adn";
 
__END__
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Hay un módulo de Perl que hace justamente eso: List::Util::WeightedChoice

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use v5.14;
use List::Util::WeightedChoice qw( choose_weighted );
 
my @porcentajes = ( 10,    40,    50 );
my @secuencias  = ('auu', 'aau', 'aaa' );
 
say choose_weighted(\@secuencias, \@porcentajes);
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Ahora solo queda ajustar estos códigos a una solución general, para traducir toda la secuencia. Sería algo así:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use v5.14;
use List::Util::WeightedChoice qw( choose_weighted );
 
my $seq = 'MILIM';                             # secuencia a probar
 
my %seq_to_amino = (
    I   => {
            secuencias => [ qw( auu aau aaa ) ],
            pesos      => [ qw( 10  40  50  ) ],
        },
    M   => {
            secuencias => [ qw( aug ) ],
            pesos      => [ qw( 100 ) ],
    },
    L   => {
            secuencias => [ qw( cuu cuc cua ) ],
            pesos      => [ qw( 33  33  34  ) ],
    }
);
 
my $secuencia_final;
 
for (my $i = 0; $i < length $seq; $i++) {
 
    my $letra = substr $seq, $i, 1;     # extraemos una letra de la secuencia a traducir
 
    $secuencia_final                              # vamos a agregando a la $secuencia_final
        .= choose_weighted(                       # la elección aleatoria
             $seq_to_amino{$letra}{secuencias},   # basada en unas secuencias
             $seq_to_amino{$letra}{pesos}         # y pesos correspondientes, según la $letra leída
           );
}
 
say $secuencia_final;
__END__
augaaacuaaauaug
augaaacuuaauaug
augaaacucaaaaug
augaaacuaaauaug
augauucuaaauaug
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Publicado: **2013-04-20 15:17 @678**

Hola, primero de todo: gracias por la información y por el tiempo. La verdad es que llevo días ojeando la página web buscando información para hacer el programa pero no encuentro lo que busco.

Me quedo bloqueado al inicio del programa: yo he hecho algo así:
use strict;
use warnings;
my $n=1;
my $linea;
my @campos;
my $id;
open (FHANDLE, "Fasta.txt") or die ("missatge d'error!");

@campos = split(/\|/, $linea);
$id = $campos[1];

print $id;

close (FHANDLE);

para que me dé la ID, pero me dice que: Use of uninitialized value $linea in split at explorer.pl line 10.
Use of uninitialized value $id in print at explorer.pl line 13.

También me gustaría saber cómo puedo poner la palabra "ID" seguida del valor (ej: P22607)-->ID: P22607.

Gracias.

Publicado: **2013-04-20 16:18 @721**

Se te ha olvidado poner el while() donde lees el archivo línea a línea. Y el if() donde identificas que estás leyendo una cabecera de secuencia.

En casi todos los hilos de este subforo de Bioinformática, donde se habla de FASTA, aparece un ejemplo de lectura del archivo. Por ejemplo:

Programa para comparar dos ID y recuperar FASTA Aquí hay un programa mío, algo complejo, pero se ve cómo acceder con split() al id de una cabecera
Cambiar de nombre a las cabeceras de un archivo fasta
Analizar cabeceras de FASTA Aquí hay un ejemplo, además, de cómo usar File::Slurp para leer un archivo
En la segunda página del hilo «Contador de cisteínas en una secuencia Fasta de aminoácidos» se ven más ejemplos.

(Editado: Explicación de la expresión regular y ejemplo más claro, aquí)

En cuanto a cómo unir 'ID' con el resto, puedes usar el operador concatenación: '.'

Publicado: **2013-04-20 16:59 @749**

Vale, ya tengo las ID... lo he hecho así...

use strict;
use warnings;
my $n = 1;
my $linea;
my @campos;
my $id;
open( FHANDLE, "Fasta.txt" ) or die("missatge d'error!");
while ( $linea = <FHANDLE> ) {

if ( $linea =~ /^>/ ) {

@campos = split( /\|/, $linea );
$id = $campos[1];

print "ID=$id\n";
}
}
close(FHANDLE);

Publicado: **2013-04-20 20:04 @877**

Ahora me sale otro problema, he hecho lo del cambio de secuencia proteica a secuencia de dna tal como me has explicado, pero no funciona:

use strict;
my $n=1;
my $seq;
my $secuencia_final;
my %seq_to_amino;
open (FHANDLE, "Fasta.txt") or die ("missatge d'error!");
while ($seq=<FHANDLE>)
{

my %seq_to_amino = (
F => {
secuencias => [ qw (TTT TTC ) ],
pesos => [ qw ( 10 90 ) ],
}
L => {
secuencias => [ qw (TTA TTG CTT CTC CTA CTG ) ],
pesos => [ qw ( 10 20 5 5 30 30 ) ],
}
I => {
secuencias => [ qw (ATT ATC ATA ) ],
pesos => [ qw ( 10 40 50 ) ],
}
M => {
secuencias => [ qw (ATG ) ],
pesos => [ qw (100 ) ],
}
V => {
secuencias => [ qw (GTT GTC GTA GTG ) ],
pesos => [ qw ( 10 40 30 20 ) ],
}
S => {
secuencias => [ qw (TCT TCC TCA TCG ) ],
pesos => [ qw ( 10 15 25 50 ) ],
}
P => {
secuencias => [ qw (CCT CCC CCA CCG ) ],
pesos => [ qw ( 10 10 50 30) ],
}
T => {
secuencias => [ qw (ACT ACC ACA ACG ) ],
pesos => [ qw ( 20 20 30 30) ],
}
A => {
secuencias => [ qw (GCT GCC GCA GCG ) ],
pesos => [ qw ( 2 8 10 80 ) ],
}
Y => {
secuencias => [ qw (TAT TAC ) ],
pesos => [ qw ( 25 75 ) ],
}
H => {
secuencias => [ qw (CAT CAC ) ],
pesos => [ qw ( 45 55 ) ],
}
Q => {
secuencias => [ qw (CAA CAG ) ],
pesos => [ qw ( 85 15 ) ],
}
N => {
secuencias => [ qw (AAT AAC ) ],
pesos => [ qw ( 35 65 ) ],
}
K => {
secuencias => [ qw (AAA AAG ) ],
pesos => [ qw ( 10 90 ) ],
}
D => {
secuencias => [ qw (GAT GAC ) ],
pesos => [ qw ( 68 32 ) ],
}

E => {
secuencias => [ qw (GAA GAG ) ],
pesos => [ qw ( 10 90 ) ],
}
C => {
secuencias => [ qw (TGT TGC ) ],
pesos => [ qw ( 15 85 ) ],
}
W => {
secuencias => [ qw (TGG ) ],
pesos => [ qw (100 ) ],
}
R => {
secuencias => [ qw (CGT CGC CGA CGG AGA AGG ) ],
pesos => [ qw ( 10 15 25 5 5 40 ) ],
}
S => {
secuencias => [ qw (AGT AGC ) ],
pesos => [ qw ( 48 52 ) ],
}
G => {
secuencias => [ qw (GGT GGC GGA GGG ) ],
pesos => [ qw ( 10 20 30 40 ) ],
}

);
}
my $secuencia_final;
for (my $i = 0; $i < length $seq; $i++)
{
my $letra = substr $seq, $i, 1;
$secuencia_final
.= choose_weighted ($seq_to_amino{$letra}{secuencias}, $seq_to_amino{$letra}{pesos});
}
say $secuencia_final;
close (FHANDLE);

Publicado: **2013-04-20 20:12 @883**

Si lo ejecutas te dirá que no sabe lo que es choose_weighted(). Eso es porque no has puesto la línea

use List::Util::WeightedChoice qw( choose_weighted );

(antes debes instalarlo, claro).

Debes también quitarle a $seq el carácter o caracteres de fin de línea. Eso se hace con chomp().

Una cosa más: es mejor que definas %seq_to_amino fuera del bucle while(). Ponlo al principio del programa, después de los 'uses', justo donde ahora lo estás declarando.

Y te recomiendo que le pongas marcas Perl al código que publicas, para que aparezca más claro. Fíjate que encima de la caja de edición hay una serie de botones. En la segunda fila, primer botón de la izquierda, pone Perl.

Publicado: **2013-04-20 22:56 @997**

Hola de nuevo... Tengo problemas al instalar el módulo List::Util::WeightedChoice (ya me lo he descargado y he leído el Readme, pero nada).

He puesto esta comando pero tampoco funciona: use lib '/home/turko/List-Util-WeightedChoice-0.06';
¿Dónde me equivoco?
Gracias.

Publicado: **2013-04-21 05:31 @271**

Aquí hay una guía para saber si está bien instalado un módulo.

¿En qué sistema operativo estás?

Publicado: **2013-04-21 09:43 @447**

En Ubuntu. Exactamente el archivo que carga ¿qué nombre tiene?

He puesto: use lib '/home/turko/Weighted';

porque la carpeta que contiene el programa se llama Weighted, pero me dice:

Can't locate List/Util/WeightedChoice.pm in @INC (@INC contains: /home/turko/Weighted /etc/perl /usr/local/lib/perl/5.14.2 /usr/local/share/perl/5.14.2 /usr/lib/perl5 /usr/share/perl5 /usr/lib/perl/5.14 /usr/share/perl/5.14 /usr/local/lib/site_perl .) at proteinadna.pl line 4.
BEGIN failed--compilation aborted at proteinadna.pl line 4.

Lo he probado todo y no funciona.

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Traducción de secuencia y su complementaria

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