Buscar posiciones en cadena de ADN
Publicado: 2006-04-15 14:24 @641
Hola a todos.
No sé si lo que quiero hacer se puede, porque le estoy dando muchas vueltas y no lo consigo. Os cuento: quiero trabajar con una secuencia de ADN, y me gustaría crear un programa que me pidiera las posiciones de principio y fin de una secuencia y me seleccionara todas las posiciones intermedias, para así poder meterlas en un archivo y así tener una maravillosa proteína separada del resto del ADN.
Hasta ahora lo que utilizo es una busqueda por patrones y me devuelve la posición en la que se encuentra esa base, pero no lo puedo hacer al contrario.
me gustaria vuestra ayuda.
No sé si lo que quiero hacer se puede, porque le estoy dando muchas vueltas y no lo consigo. Os cuento: quiero trabajar con una secuencia de ADN, y me gustaría crear un programa que me pidiera las posiciones de principio y fin de una secuencia y me seleccionara todas las posiciones intermedias, para así poder meterlas en un archivo y así tener una maravillosa proteína separada del resto del ADN.
Hasta ahora lo que utilizo es una busqueda por patrones y me devuelve la posición en la que se encuentra esa base, pero no lo puedo hacer al contrario.
me gustaria vuestra ayuda.
- Código: Seleccionar todo
open (ADN,"cadena.txt");
@adn = <ADN>;
print "Introduce el patron que quieras buscar en tu cadena: ";
$patron=<STDIN>;
chomp $patron;
print "\n\nEL PATRON $patron APARECE EN: \n\n";
for ($i=0;$i<scalar @adn; $i=$i+1){
if ($adn[$i]=~ /$patron/){
$antes= $-[0]+ ($i*60);
$despues = $+[0] + ($i*60);
print "LINEA $i : $antes -------- $despues\n";
}
}
print "\n\n";
close (ADN);
close (GEN);
exit;