Identificar regiones del genoma por coordenadas
Publicado: 2015-12-16 01:02 @084
Hola
Tengo un archivo con coordenadas de ciertos cromosomas:
Estas coordenadas se corresponden con exones de diferentes genes. Necesito relacionar cada posición con el exón y el gen correspondiente, para imprimir algo como:
Manualmente lo haría yendo al NCBI o al UCSC Genome Browser, pegando las coordenadas en el buscador y anotando el exón correspondiente.
Mi intención era buscar una forma de hacer esta consulta usando una URL que devuelva un archivo que contenga la información que busco y luego capturarla vía regex, pero no consigo encontrar la forma de crear esta URL.
¿Alguien sabe cómo puedo hacerlo?
Gracias
Tengo un archivo con coordenadas de ciertos cromosomas:
Using text Syntax Highlighting
chr1 11845753 11845846
chr1 11845856 11846102
chr1 11846102 11846209
chr1 11846209 11846508
chr1 11846522 11846718
chr1 11845856 11846102
chr1 11846102 11846209
chr1 11846209 11846508
chr1 11846522 11846718
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
Estas coordenadas se corresponden con exones de diferentes genes. Necesito relacionar cada posición con el exón y el gen correspondiente, para imprimir algo como:
Using text Syntax Highlighting
chr1 11845753 11845846 Exon1_GenX
chr1 11845856 11846102 Exon2_GenX
chr1 11846102 11846209 Exon3_Genx
chr1 11846209 11846508 Exon1_GenY
chr1 11846522 11846718 Exon2_GenY
chr1 11845856 11846102 Exon2_GenX
chr1 11846102 11846209 Exon3_Genx
chr1 11846209 11846508 Exon1_GenY
chr1 11846522 11846718 Exon2_GenY
Coloreado en 0.000 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4
Manualmente lo haría yendo al NCBI o al UCSC Genome Browser, pegando las coordenadas en el buscador y anotando el exón correspondiente.
Mi intención era buscar una forma de hacer esta consulta usando una URL que devuelva un archivo que contenga la información que busco y luego capturarla vía regex, pero no consigo encontrar la forma de crear esta URL.
¿Alguien sabe cómo puedo hacerlo?
Gracias