Foro - Perl en Español

Publicado: **2016-10-18 17:05 @754**

Hola, buenos días. Tengo este código en Perl que modifiqué de acuerdo a lo que requiero de uno ya existente, para extraer secuencias usando el ID en un archivo .txt. Sin embargo, el archivo de salida me arroja las secuencias con los ID del archivo.txt y yo lo que quiero es que salga todo el nombre original de cada secuencia.

Sintáxis: (archivo_secuencias.fasta) [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>Z85.T_1177507 Z85s 9PG0M:00018:00019 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0

ACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAGGAAAACTTGGGAATTAATACCCCCCAA

>X89.T_24577341 X89s 9PG0M:00022:00033 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0

CGATTACTAGCGATTCCGACTGAATTGCAGACTCCAATCCGGATTTGCTTCCCCTCGCGGGCTTGCGACCCTCTGTGCCGACCATTGTAGCACGTGAGTA

>D89.T_36577341 D89s 9PG0M:00027:00047 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0

CCAGCAGCCGCGGTAAGGATGAGGTGAAATTCGTAGATATCTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCATCTGGACGGTGACTGACGCTCAGACGCGTG

>F106.T_4177341 F106s 9PG0M:00031:00045 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0

ACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGATTCGGGAATCCAGTGACAGGTGCTGCATGGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTTGCCAGCACGTAATC

>Z79.T_1177341 Z79s 9PG0M:00018:00028 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0

CCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGGGCAAGCGTTGTTCGTCTGTTTAGTCAGGCGTGAAATCCCTGGGGGGAGAGGAGAGTGGAATTCCCAGTGTAGAGGTColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Sintáxis: (archivo_id.txt) [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

Z85.T_1177507

Z79.T_1177341Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Lo que obtengo es

Sintáxis: (archivo_salida.txt) [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>Z85.T_1177507 

ACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAGGAAAACTTGGGAATTAATACCCCCCAA

>Z79.T_1177341

CCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGGGCAAGCGTTGTTCGTCTGTTTAGTCAGGCGTGAAATCCCTGGGGGGAGAGGAGAGTGGAATTCCCAGTGTAGAGGTColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Sin embargo, lo que quiero es (con el nombre original: >Z85.T_1177507 Z85s 9PG0M:00018:00019 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0)

Sintáxis: (deseado.txt) [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>Z85.T_1177507 Z85s 9PG0M:00018:00019 orig_bc= new_bc= bc_diffs=0

ACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATGGGTTGTAAAGCACTTTCAGTAGGGAGGAAAACTTGGGAATTAATACCCCCCAAGCTTGACGTCACCTACAGAAGAColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Este es el código que modifiqué:

¡¡¡ Muchas Gracias !!!!

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl -w
 
use strict;
use Getopt::Long;
 
 
my ($id_file, $fasta_fie, $output_file);
GetOptions (
            'id=s'   =>\$id_file, #archivo con id
            'fa=s'   =>\$fasta_fie, # archivo fasta
            'ou=s'   =>\$output_file #archivo de salida
            
            );
 
if (!$id_file or !$fasta_fie or !$output_file){
   print "error";
   exit;
}
 
my @list = ();
open (LIST,$id_file) or die "Cannot open file $id_file: $!\n";
while (my $id = <LIST>) {
    chomp $id;
    $id =~ s/\s//g;
    push @list, $id
}
close LIST;
 
my %seq = ();
my $sid = ();
open (IN, $fasta_fie) or die "Cannot open file $fasta_fie: $!\n";;
while (<IN>) {
    if (/^\>(\S+)/) {
        $sid = $1;
        my @w = split /\|/, $sid;
        if (@w > 2) {
            $sid = $w[2];   
        } else {
            $sid = $w[0];
        }
    } else {
        $seq{$sid} .= $_;
    }
}
close IN;
 
 
open (OUT, ">$output_file") or die "Cannot create file $output_file: $!\n";
foreach my $id (@list) {
    print OUT ">$id\n";
    print OUT $seq{"$id"};
}
close OUT;
exit;
 
Coloreado en 0.003 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Publicado: **2016-10-18 18:09 @798**

Quita o comenta la línea 50.

Cambia la línea 41 por una llave de cierre, y elimina la línea 43 (es decir, eliminamos la parte del else{}, y dejamos la asignación de la línea 42 fuera del if() principal).

Publicado: **2016-10-20 11:32 @522**

¡¡¡ Muchas Gracias !!!

)

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Extraer secuencias usando un archivo con los ID

Extraer secuencias usando un archivo con los ID

Re: Extraer secuencias usando un archivo con los ID

Re: Extraer secuencias usando un archivo con los ID