bioinfo: comprueba si dos genomas FASTA son iguales
Publicado: 2021-09-16 15:02 @668Hola,
hoy mi colega Najla Ksouri y yo teníamos que comprobar si dos versiones del mismo genoma, una de Phytozome y otra de Ensembl Plants, eran iguales en secuencia. Para eso usamos este one-liner Perl que hace una digestión MD5 de las secuencias desde un fichero en formato FASTA, donde cada secuencia va precedida de una cabecera o header, capturada en la variable $h:
Artículo
hoy mi colega Najla Ksouri y yo teníamos que comprobar si dos versiones del mismo genoma, una de Phytozome y otra de Ensembl Plants, eran iguales en secuencia. Para eso usamos este one-liner Perl que hace una digestión MD5 de las secuencias desde un fichero en formato FASTA, donde cada secuencia va precedida de una cabecera o header, capturada en la variable $h:
Artículo