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Bases de programación en Perl para bioinformática (MX)

Aprende Perl

Bases de programación en Perl para bioinformática (MX)

Notapor explorer » 2012-07-30 18:49 @826

Presentación
Con el fin de racionalizar y eficientizar el uso de recursos humanos e instalaciones en el Campus Morelos de la UNAM, hemos organizado este curso de doctorado de manera conjunta para los Programas de Doctorado en Ciencias Bioquímicas (PDCBioq) y Biomédicas (PDCBiomed) de la Universidad Nacional Autónoma de México. Puedes descargar desde aquí la convocatoria oficial del tópico.

Justificación
Las aplicaciones bioinformáticas se han multiplicado en las últimas décadas, al igual que el número de bases de datos de dominio público. El empleo de la mayoría de estas herramientas no requiere de conocimientos de programación, pero la falta de ellos puede ser una limitante de importancia, lo cual es evidente al trabajar a escala genómica, con miles de familias de genes. El conocimiento para desarrollar herramientas computacionales, no solo permite manejar las numerosas posibilidades de conversión entre formatos diferentes de estas secuencias y bases de datos, sino que es un aliado fundamental para la extracción, organización, manejo y análisis de la información. Un lenguaje de programación interpretado, sencillo y poderoso como Perl, cuenta sobradamente con los elementos para llevar a cabo este tipo de tareas, así como otras más complejas, gracias en buena parte a los > 100.000 módulos de Perl públicamente disponibles en los repositorios CPAN y BioPerl. Sin duda, el conocimiento del lenguaje Perl eleva las capacidades y eficiencia de utilización de las actuales aplicaciones bioinformáticas. Estamos convencidos que para algunos participantes este curso representará el inicio de una nueva faceta en su interacción con las computadoras y la bioinformática, y por ende ampliará sus perspectivas profesionales.

Objetivos
Dotar a los asistentes de los conocimientos necesarios para el desarrollo de aplicaciones básicas con el lenguaje Perl, incluyendo módulos de BioPerl. Se han intercalado algunos "ejemplos propuestos" dentro de las sesiones correspondientes, que representan algunos de los análisis comúnmente requeridos, no tan solo en el área de bioinformática, sino de una manera más general, dentro de la Biología Molecular.

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