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bioinfo: comparando secuencias de igual longitud

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: comparando secuencias de igual longitud

Notapor explorer » 2012-12-25 14:54 @663

«Hola,
hoy quería compartir recetas en Perl para la comparación eficiente de secuencias de igual longitud. Las dos funciones que vamos a ver devuelven como resultado listas con las posiciones (contando desde 0) en las que difieren dos secuencias.

Para qué sirve esto? En general, para calcular distancias de edición (edit distances); en bioinformática es una manera, por ejemplo, de comparar oligos de igual longitud o secuencias extraídas de un alineamiento múltilple, incluyendo gaps. El siguiente código fuente incluye una subrutina en Perl (con el operador binario ^ y la función pos) y otra en C embebido para hacer la misma operación por dos caminos: »

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Re: bioinfo: comparando secuencias de igual longitud

Notapor Guelu » 2015-08-11 09:43 @446

Buenas tardes, explorer.

He estado probando este código y me da un error. Os pego la salida a ver si sabéis qué puede ocurrir:

Can't find string terminator "END_C" anywhere before EOF at comparar-secuencias.pl line 24.

¡Gracias!
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Re: bioinfo: comparando secuencias de igual longitud

Notapor explorer » 2015-08-11 12:34 @565

El error indica que perl no ha podido encontrar la parte final END_C. Fíjate que en el código está en la última línea y en la primera columna.
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