Foro - Perl en Español

por **explorer** » 2021-09-16 15:07 @671

Cortar secuencias desde un fichero GFF y un FASTA del genoma

Hola,

hoy cuento cómo cortar subsecuencias de un genoma correspondientes a elementos anotados en un fichero GFF asociado, que tienen este aspecto, con columnas separadas por tabuladores. A diferencia del formato BED, las coordinadas aquí empiezan a contar en 1:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

 proveedor  gene  16399  20144  .  +  .  ID=500;...

 proveedor  mRNA  16399  20144  .  +  .  ID=500-01;Parent=500;...

 proveedor  exon  16399  16976  .  +  .  Parent=500-01;Name=500-01-E1;...

 proveedor  CDS   16599  16976  .  +  0  ID=CDS:500-01;Parent=500-01;...

 proveedor  exon  17383  17474  .  +  .  Parent=500-01;Name=O500-01-E2;...

 proveedor  CDS   17383  17474  .  +  0  ID=CDS:500-01;Parent=500-01;...

...Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Artículo

Foro - Perl en Español

bioinfo: Cortar secuencias desde un fichero GFF y un FASTA

bioinfo: Cortar secuencias desde un fichero GFF y un FASTA

Publicidad

¿Quién está conectado?