Foro - Perl en Español

Hola,
hace unos días un usuario preguntaba en la lista de usuarios del Protein Data Bank (PDB) cómo usar la interfaz de servicios REST, documentada en https://www.rcsb.org/pdb/software/rest.do, para hacer búsquedas BLAST.

Mientras otro usuario compartía un script escrito en Python3, llamado sequenceSimilarity.py, que requiere mmtf-pyspark para hacer consultas PSI-BLAST en tiempo real contra el PDB, a mi me llamó la atención la simplicidad del servicio sequenceCluster, que para cualquier cadena de una estructura depositada en el PDB permite obtener el clúster de secuencias con un porcentaje de identidad controlado por el usuario:

https://www.rcsb.org/pdb/rest/sequenceC ... eId=9ant.A

Esto devuelve una lista de cadenas de estructuras PDB en formato XML que podemos procesar por ejemplo como se explica en

https://developer.atlassian.com/server/ ... nt-in-perl

Hasta luego, buen verano,
Bruno

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