• Publicidad

bioinfo: Leyendo FASTQ con CPAN

Perl aplicado a la bioinformática

bioinfo: Leyendo FASTQ con CPAN

Notapor explorer » 2017-10-08 18:05 @795

«Buenas. Hace un par de años describía en otra entrada cómo leer de manera eficiente ficheros FASTQ con ayuda de kseq.h Para ello definí una clase C++ que llamábamos desde Perl5 con Inline::CPP. La entrada de hoy es para contar que se puede hacer lo mismo instalando el módulo Bio::DB::HTS::Kseq desde CPAN, previa instalación en tu sistema de la librería htslib».

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]
Using perl Syntax Highlighting
  1. use strict;
  2. use Bio::DB::HTS::Kseq;
  3.  
  4. my ($length,$header,$sequence,$quality);
  5.  
  6. my $kseq = Bio::DB::HTS::Kseq->new("sample18MB.fq.gz");
  7. my $iter = $kseq->iterator();
  8. while(my $r = $iter->next_seq()) {
  9.  
  10.   ($header,$sequence,$quality) = ($r->name,$r->seq,$r->qual);
  11.   print ">$header\n$sequence\n$quality\n";
  12. }
Coloreado en 0.010 segundos, usando GeSHi 1.0.8.4

Artículo
JF^D Perl Programming Language
Avatar de Usuario
explorer
Administrador
Administrador
 
Mensajes: 14102
Registrado: 2005-07-24 18:12 @800
Ubicación: Valladolid, España

Publicidad

Volver a Bioinformática

¿Quién está conectado?

Usuarios navegando por este Foro: No hay usuarios registrados visitando el Foro y 0 invitados