Foro - Perl en Español

«Ahora mismo cualquiera tiene delante una máquina multinúcleo (en Linux comprueba /proc/cpuinfo) y con ella podremos acelerar significativamente nuestras búsquedas con BLAST si se cumple una condición:

La memoria RAM de tu hardware debe superar con creces el tamaño de la base de secuencias que queremos rastrear.

Si esta condición se cumple en tu caso, sigue leyendo. El siguiente código Perl, con ayuda del módulo Parallel-ForkManager, te permitirá exprimir tú máquina, partiendo el problema inicial en pedazos de tamaño igual que serán enviados de manera eficiente a procesar a los núcleos disponibles de tu máquina. En mis pruebas, el tamaño óptimo de pedazo es de 100 secuencias, y el número de núcleos óptimo es el físico de la máquina en cuestión.»

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