Foro - Perl en Español

«hemos aprendido las ventajas de usar vectores de sufijos (suffix arrays) para el problema de buscar patrones o subcadenas exactas en textos muy largos, como son las secuencias genómicas. Pero, ¿qué es un vector de sufijos? Trataré de explicarlo con el siguiente código en Perl:»

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Creo entender que el autor ha querido expresar en Perl un algoritmo de búsqueda para mostrarlo y entenderlo mejor, pero supongo que no es de aplicación en el mundo real, sino hacerlo con otros lenguajes que generen una solución compilada.

Perl es muy lento realizando esa tarea: haciendo un Bechmark, me sale que es de 20 a 30 veces más lento que usando index() (o rindex()).



Y esa ventaja es con el tamaño de la secuencia del ejemplo. Si el tamaño de la secuencia aumenta, mucho más aumenta la diferencia, a causa del tiempo empleado en la ordenación.

Se podría aumentar la prestación de make_suffix_array() usando alguna maniobra Orcish para evitar la ejecución de demasiadas funciones substr().

De todas formas, se agradece muchísimo mostrar algoritmos en código Perl, pues de todos ellos aprendemos bastante.