Foro - Perl en Español

por **wampaier** » 2011-04-27 09:01 @417

¡¡Hola, qué tal!! Necesito que me ayuden a verificar cuál es mi error dentro de mi código... Éste, lo que hace es encontrar una palabra y buscar en otro archivo y me imprime cuántas veces aparece... Lo que pasa es que no me está contando como si no encontrara dicha palabra... Se los agradecería muchísimo... Este es el código que tengo:

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use warnings;
 
open( my $fh, $ARGV[0] ) or die "No se puede abrir el archivo\n";
print "Isogroup\tReads\n";
my $var;
 
while (<$fh>) {
    if ( $_ =~ /^(IGHV[0-9]{1,3}.*)\n/ ) {
 
        $var = $1;
    }
 
    my $archivo = '/root/Desktop/2tca';
    open( FH, $archivo ) or die "No se puede abrir\n";
    my @result = grep {/$var/} <FH>;   #hago la busqueda de mi variable
    print "$var\t";
    print scalar @result . "\n";
 
}
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Este es un ejemplo de mi archivo de entrada:

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Using text Syntax Highlighting

IGHV1-11*01

IGHV1-12*01

IGHV1-14*01

IGHV1-15*01

IGHV1-17-1*01

IGHV1-18*01

IGHV1-18*02

IGHV1-18*03

IGHV1-19*01

IGHV1-20*01

IGHV1-20*02Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Y este es otro ejemplo del segundo archivo en el que busca:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

G07VVQL01AKZ6O  IGHV1-53*01     100.00  294     0       0       176     469     1       294     1e-168   583
G07VVQL01AR4M7  IGHV3-6*01      97.60   292     5       2       141     430     5       296     6e-146   507
G07VVQL01AKAR2  IGHV1-5*01      98.64   294     4       0       114     407     1       294     4e-159   551
G07VVQL01AYVF0  IGHV1-74*01     95.59   295     10      3       135     429     1       292     4e-131   458
G07VVQL01AY1S3  IGHV3-6*01      97.63   295     7       0       138     432     1       295     2e-152   529
G07VVQL01AS9M4  IGHV1-42*01     100.00  294     0       0       140     433     1       294     1e-168   583
G07VVQL01AUUUN  IGHV1-20*01     99.32   294     2       0       136     429     1       294     7e-164   567
G07VVQL01APTS3  IGHV1-75*01     99.62   262     1       0       137     398     1       262     4e-147   511
G07VVQL01A05KK  IGHV1-15*01     96.26   294     11      0       117     410     1       294     2e-142   496
G07VVQL01A9HRQ  IGHV1-81*01     97.97   296     3       3       137     432     1       293     2e-148   515
G07VVQL01AT7ZB  IGHV1-85*01     100.00  294     0       0       103     396     1       294     1e-168   583
G07VVQL01AYVQW  IGHV1-39*01     99.66   294     1       0       137     430     1       294     3e-166   575
G07VVQL01APOA8  IGHV1-18*01     99.66   295     0       1       140     434     1       294     2e-164   569
G07VVQL01AS88E  IGHV1-71*01     98.01   301     6       0       140     440     1       301     2e-158   549
Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

De verdad, agradecería mucho sus consejos... o ver en qué está fallando... por qué no realiza la instrucción...

¡¡¡¡¡¡¡¡Saludos!!!!!!!!

El problema está en que las "palabras" del primer fichero contienen caracteres que son significativos para una expresión regular. En concreto, '*' es un operador que indica que queremos encontrar cero o más veces la expresión que le precede. Así, con /IGHV1-11*01/ no estás buscando por exáctamente 'IGHV1-11*01'. El asterisco tiene ahí un significado.

La solución sería "escapar" el significado de esos caracteres:

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Using perl Syntax Highlighting

        $var = quotemeta($1);
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Por otra parte, si las "palabras" son iguales a lo que estamos buscando en el segundo fichero, es mucho mejor usar otra cosa que no expresiones regulares. Con index() obtendrás un resultado mucho más rápido.

Otro detalle: si te fijas, estás abriendo y leyendo el segundo archivo por cada línea del primero. Eso no es eficiente. Si tienes suficiente memoria, es mejor almacenar toda la información en memoria y así el programa realizará el trabajo mucho más rápido.

Por otra parte, este problema lo hemos tratado en otras ocasiones:

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Buscar palabras de un archivo en otro

Buscar palabras de un archivo en otro

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Re: Buscar palabras de un archivo en otro

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