Foro - Perl en Español

por **biovero88** » 2012-08-01 09:58 @457

Buenos días.

Me encuentro en un dilema con este script. Lo que necesito es que busque en cada línea del archivo blastx_l.txt, cada código de la lista Col_cod.txt y muestre la línea del archivo blastx_l.txt en la que encontró el código.

El problema es que me sigue imprimiendo todas las líneas del archivo blastx_l.txt, y no sé por qué

¡¡¡Ayúdenme, por favor!!!

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

# usr/bin/perl -w
 
$lista_cod = "Col_cod.txt";
open( LISTACOD, $lista_cod );
@lista_cod = <LISTACOD>;
close LISTACOD;
 
$Rblast = "blastx_l.txt";
open( RBLAST, $Rblast );
@Rblast = <RBLAST>;
close RBLAST;
 
open my $salida, '>', 'list1_col.txt';
 
@salida = "";
for ( $i = 0; $i < scalar @Rblast; ++$i ) {
    $ok  = "";
    @R   = split( /\t/, $Rblast[$i] );
    $cod = $R[4];
    foreach $linea (@lista_cod) {
 
        #print $linea;
        unless ( $cod != $linea ) {
            $ok = $Rblast[$i];
 
            #print $Rblast[$i];
            #print $linea;
        }
 
    }
    print $ok;
}
 
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Sintáxis: (Col_cod.txt) [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

CAA92325.1

BAE44439.1

ABG49144.1

CBD29743.1

CBD24802.1

ADW66126.1

AAD46412.1

ACH56716.1

AAA33811.1

CAC84561.1

AAW23965.1

ABA46764.1

ABB16993.1Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Sintáxis: (blastx_l.txt) [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

Contig10        gi      74273683        gb      AAA13372.2

Contig13        gi      255762735       gb      ACU33178.1

Contig20        gi      7430935 pir     S72477

Contig21        gi      89241656        emb     CAJ32378.1

Contig46        gi      158342648       gb      ABW34945.1

Contig53        gi      114432126       gb      ABI74671.1

Contig56        gi      219742364       emb     CAW34879.1

Contig60        gi      89241712        emb     CAJ32435.1

Contig66        gi      60496105        emb     CAI61671.1

Contig88        gi      118490015       gb      ABK96801.1

Contig92        gi      89474464        gb      ABD72959.1

Contig93        gi      110083943       gb      ABG49144.1

Contig104       gi      13111661        gb      AAG45487.1

Contig113       gi      30422751        emb     CAD90243.1

Contig114       gi      219753963       emb     CAW35676.1Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

#!/usr/bin/env perl
use autodie;
 
## Leemos los códigos y los pasamos a un hash
my %codigos;
open my $CODIGOS, '<', 'Col_cod.txt';
while (my $cod = <$CODIGOS>) {
    chomp $cod;                                 # quitamos caracteres de fin de línea
    $codigos{$cod} = 1;                         # lo almacenamos como clave de un hash
}
close $CODIGOS;
 
## Leemos los registros BLAST
open my $FILE_BLAST, '<', 'blastx_l.txt';
while (my $blast = <$FILE_BLAST>) {             # para cada registro BLAST
    my($cod) = (split " ", $blast)[4];          # quinto campo del registro
 
    if (exists $codigos{$cod}) {                # ¿ese código existe en nuestra lista de códigos?
        print $blast;                           # sí, sacamos todo el registro en pantalla
    }
}
close $FILE_BLAST;
 
__END__
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Foro - Perl en Español

Búsqueda en un archivo

Búsqueda en un archivo

Publicidad

Re: Búsqueda en un archivo

¿Quién está conectado?