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Características químicas de una secuencia de aminoácidos

Perl aplicado a la bioinformática

Características químicas de una secuencia de aminoácidos

Notapor manuel3180 » 2013-05-17 14:09 @631

Hola, qué tal a todos, quisiera saber si existe un script en Perl o me puedan ayudar a diseñar un script que me pueda describir en una secuencia de aminoácidos las características propias de cada aminoácidos, es decir, nosotros sabemos, básicamente, que los aminoácidos se agrupan de la siguiente forma:

Grupo Hidrofóbico = (H)
Polar = (P)
Carga+ = (+)
Carga- = (-)


Supongamos que tenemos un archivo fasta: input:AA_1.fasta

>AA_1
MTRDETHPFV


Y deseamos que la representación del contenido sea de la siguiente forma:

MTRDETHPFV --> H/P/+/-/-/(H/P)/(H/+)/H/H/H

De esa forma estoy describiendo en base a sus propiedades químicas las características de esa secuencia.

Existen otras características pero lo más básico es lo que les acabo de comentar líneas arriba.

¡¡¡¡¡Como siempre muy agradecido por la atención prestada!!!!!

¡¡¡¡Saludos a todos y GRACIAS!!!!
manuel3180
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Re: Características químicas de una secuencia de aminoácidos

Notapor explorer » 2013-05-17 14:20 @639

Yo creo que con uno (o dos hash) se puede resolver.

Lo que hay que saber son las traducciones de cada segmento de la secuencia.
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