Foro - Perl en Español

por **davids84** » 2011-05-03 10:34 @482

Hola. necesito de su ayuda... Ojalá alguien me pueda asesorar con esto...

Es un formato de secuencias de ADN... me busca la $variable y la $secuencia y abro otro archivo en el cual voy a buscar $variable con un grep() y si la encuentra, imprimir la $variable2 declarada en el if(), más o menos así:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

open( my $fh, $ARGV[0] ) or die "No se puede abrir el archivo\n";
 
my $var;
my $sec;
 
while (<$fh>) {
    if ( $_ =~ /^>(.+)\srank.*\n/ ) {
        $var = $1;
    }
    if ( $_ =~ /^([ACGT].*)\n/ ) {
        $sec = $1;
    }
 
    my $archivo = '/root/Desktop/cdhits_IGH/cdhit_90.bak.clstr';
    open( FH, $archivo ) or die "No se puede abrir\n";
    if ( $_ =~ /^([0-9]{1,6}).*\n/ ) {
        my $clu = $1;
        my @result = grep {/$var/} <FH>;  #hago la busqueda de mi variable
        print "$clu $var\n";
        print "$sec\n";
    }
 
}
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Mis archivos de entrada son más o menos de esta manera:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>G07VVQL01AJY0Q rank=0188884 x=110.5 y=1400.5 length=896
CAGTAGGTATCAACGCAGGTAGTTAACGCGGGGTTACTACTATTCTCAGTTAGACGTCCT
TCCACTCTAGAGCGTAACTAGGCGTGGTCCTCGGAACCGCTTACGACCTTCGTGGCCCGT
GGGTTAGGTTCCGTTTTCCCTAACGCCTTGGGTCGCCTAAGTTCCCACGTGGCNCGACTC
>G07VVQL01ATHR6 rank=0187486 x=218.0 y=3252.0 length=750
TCGACGTCGGTAAAACGTCAAAAACGCAAACGACGTAACGCCGGGAAACCAGCCTATAGT
CGACCTCGTACGTGGTACCTACCGTTTCCCAAAGTCCCTTGGTAACCCTACTTTACGAAA
CGTTCGGTTAACCCAAGTTTCGGGTAACCCTTAGGTACCGTAGGGTTTCGTTTACCGTTC
 
Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

y el archivo 2 es así:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>Cluster 0
0       896aa, >G07VVQL01AJY0Q ra... *
>Cluster 1
0       750aa, >G07VVQL01ATHR6 ra... *
Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

y la salida sería de este modo:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

>Cluster 0 G07VVQL01AJY0Q
CAGTAGGTATCAACGCAGGTAGTTAACGCGGGGTTACTACTATTCTCAGTTAGACGTCCT
TCCACTCTAGAGCGTAACTAGGCGTGGTCCTCGGAACCGCTTACGACCTTCGTGGCCCGT
GGGTTAGGTTCCGTTTTCCCTAACGCCTTGGGTCGCCTAAGTTCCCACGTGGCNCGACTC
>Cluster 1 G07VVQL01ATHR6
TCGACGTCGGTAAAACGTCAAAAACGCAAACGACGTAACGCCGGGAAACCAGCCTATAGT
CGACCTCGTACGTGGTACCTACCGTTTCCCAAAGTCCCTTGGTAACCCTACTTTACGAAA
CGTTCGGTTAACCCAAGTTTCGGGTAACCCTTAGGTACCGTAGGGTTTCGTTTACCGTTC
 
Coloreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

pero el problema es que no me imprime nada y al parecer se hace un loop infinito.
¿¿¿Alguien me podría ayudar, pliss???

#!/usr/bin/perl
use Modern::Perl;
use utf8;
use autodie;
 
use File::Slurp 'slurp';
 
## Leemos los ficheros
my @fichero_secuencias = slurp('code_25802_1.txt');
my @fichero_clusteres  = slurp('code_25802_2.txt');
 
## Conversión de las secuencias
my %secuencias;
my($nombre, $secuencia);
 
for my $línea (@fichero_secuencias) {
    given ($línea) {
        when (/^ > (\w+)/x) {
            $nombre    = $1;
        }
        default {
            $secuencias{ $nombre } .= $línea;
        }
    }
}
 
# Última secuencia del fichero
$secuencias{ $nombre } = $secuencia;
 
use Data::Dumper::Names;
#say Dumper(\%secuencias);
 
## Extracción de los clústeres
my %cluster;
my($nombre_cluster, $código_secuencia);
my @cluster;
for my $cluster (@fichero_clusteres) {
    given ($cluster) {
        when (/^ > (.+)/x) {
            $nombre_cluster = $1;
        }
        when (/^\d .+? >(\w+)/x) {
            $código_secuencia = $1;
            push @cluster,
                 ">$nombre_cluster $código_secuencia\n$secuencias{ $código_secuencia }";
        }
    }
}
 
#say Dumper(\@cluster);
say @cluster;
 
__END__
>Cluster 0 G07VVQL01AJY0Q
CAGTAGGTATCAACGCAGGTAGTTAACGCGGGGTTACTACTATTCTCAGTTAGACGTCCT
TCCACTCTAGAGCGTAACTAGGCGTGGTCCTCGGAACCGCTTACGACCTTCGTGGCCCGT
GGGTTAGGTTCCGTTTTCCCTAACGCCTTGGGTCGCCTAAGTTCCCACGTGGCNCGACTC
>Cluster 1 G07VVQL01ATHR6
TCGACGTCGGTAAAACGTCAAAAACGCAAACGACGTAACGCCGGGAAACCAGCCTATAGT
CGACCTCGTACGTGGTACCTACCGTTTCCCAAAGTCCCTTGGTAACCCTACTTTACGAAA
CGTTCGGTTAACCCAAGTTTCGGGTAACCCTTAGGTACCGTAGGGTTTCGTTTACCGTTC
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

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Cómo cambiar una variable por otra

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