Primero: el poner la URL en varias líneas te va a dar muchos problemas. Mejor dicho: no funcionará nada. Debes poner la URL en una sola línea.
Segundo: "eso" es una URL, no un comando. Al system() le pasas dos argumentos: el programa que "puede" entender o "reproducir" un enlace magnet, y el segundo argumento, el URL.
Por ejemplo:
system("C:/Program Files (x86)/Transmission Remote GUI/transgui.exe", $code);Si estás en Windows, es posible
que tenga definido el programa que
tiene que abrir cuando el usuario solicita abrir un URL magnet. Creo que entonces debes ejecutar el comando START, pero eso ya no lo sé (no soy usuario de Windows, afortunadamente).