Bueno, pues si las salidas del Dumper te dicen que el programa lee de forma correcta los dos ficheros, lo que queda por saber es qué es lo que debería salir, es decir, ¿qué elementos que ha leído en un fichero y también están en el otro deberían aparecer y no lo hacen?
Con un par de ejemplos podríamos ver qué es lo que puede fallar... pero si no los vemos, poco más podemos decirte.
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por m_angeles8 » 2009-03-27 09:33 @439
A ver, por ejemplo, en el fichero genesZfin.tsv aparece este gen:
y en el de moddanre.txt aparece este grupo de ortologos,
El identificador ZDB-GENE es el mismo por lo que me debería aparecer en el fichero ortologos.txt, pero sin embargo no aparece.
Otro ejemplo,
genesZfin.tsv:
moddanre.txt:
Tampoco lo guarda, y así unos cuantos más. Sigo viendo que los que me guarda son los que después del último guión del identificador ZDB tienen 3 cifras, los demás no.
¡¡¡¡Gracias!!!!
- Código: Seleccionar todo
meis1 11 figure(s) from 5 publications 1-4 somites to Day 4 ZDB-GENE-020122-1
y en el de moddanre.txt aparece este grupo de ortologos,
- Código: Seleccionar todo
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #1637. Best score 773 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - modDANRE.fa:120 modMUSMU.fa:279
ZDB-GENE-020122-1 100.00% MGI:104717 100.00%
Bootstrap support for ZDB-GENE-020122-1 as seed ortholog is 99%.
Bootstrap support for MGI:104717 as seed ortholog is 100%.
___________________________________________________________________________________
El identificador ZDB-GENE es el mismo por lo que me debería aparecer en el fichero ortologos.txt, pero sin embargo no aparece.
Otro ejemplo,
genesZfin.tsv:
- Código: Seleccionar todo
pabpc4 2 figure(s) from Thisse et al., 2001 20-25 somites to Prim-25 ZDB-GENE-030131-9663
moddanre.txt:
- Código: Seleccionar todo
___________________________________________________________________________________
Group of orthologs #736. Best score 1045 bits
Score difference with first non-orthologous sequence - modDANRE.fa:232 modMUSMU.fa:230
ZDB-GENE-030131-9663 100.00% MGI:2385206 100.00%
Bootstrap support for ZDB-GENE-030131-9663 as seed ortholog is 100%.
Bootstrap support for MGI:2385206 as seed ortholog is 100%.
___________________________________________________________________________________
Tampoco lo guarda, y así unos cuantos más. Sigo viendo que los que me guarda son los que después del último guión del identificador ZDB tienen 3 cifras, los demás no.
¡¡¡¡Gracias!!!!
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por explorer » 2009-03-27 09:42 @446
Al editar tu mensaje, me he dado cuenta de que al final de la línea del fichero genes, hay un espacio en blanco, justo detrás del identificador.
Creo que lo mejor será cambiar la forma de extraer la información: usar una expresión regular que localice palabras que empiecen por ZDB.
Creo que lo mejor será cambiar la forma de extraer la información: usar una expresión regular que localice palabras que empiecen por ZDB.
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por m_angeles8 » 2009-03-27 10:34 @482
¡¡¡¡Ya tengo la solución!!!! ¡¡Creo que de esta manera funciona way!!
Using perl Syntax Highlighting
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use Data::Dumper;
my $file=shift or print " USAGE: ./ortolog2.pl genesZfin.tsv modDANRE.txt\n\n";
my %genzf;
open GENZF, $file or die $!;
while (<GENZF>) {
if ( not /^FIN/) {
my @arr=split (/\t/,$_);
if ($arr[4]=~/(\S+)/) { $arr[4]=$1; }
$genzf{$arr[4]}="$arr[4]\t$arr[0]\t$arr[2]";
}
}
close GENZF;
$file=shift;
my %moddan;
open MODDAN, $file or die $!;
while (<MODDAN>) {
if (/^(ZDB\S+)\s+(100\S+)\s+(\S+)\s+(100\S+)/) {
$moddan{"$1"}="$1\t$2\t$3\t$4";
}
}
close MODDAN;
foreach my $x (sort keys %moddan) {
if ($genzf{$x}) {
print $moddan{$x},"\n";
}
}
#print Dumper %genzf;
#print Dumper %moddan;
use strict;
use Data::Dumper;
my $file=shift or print " USAGE: ./ortolog2.pl genesZfin.tsv modDANRE.txt\n\n";
my %genzf;
open GENZF, $file or die $!;
while (<GENZF>) {
if ( not /^FIN/) {
my @arr=split (/\t/,$_);
if ($arr[4]=~/(\S+)/) { $arr[4]=$1; }
$genzf{$arr[4]}="$arr[4]\t$arr[0]\t$arr[2]";
}
}
close GENZF;
$file=shift;
my %moddan;
open MODDAN, $file or die $!;
while (<MODDAN>) {
if (/^(ZDB\S+)\s+(100\S+)\s+(\S+)\s+(100\S+)/) {
$moddan{"$1"}="$1\t$2\t$3\t$4";
}
}
close MODDAN;
foreach my $x (sort keys %moddan) {
if ($genzf{$x}) {
print $moddan{$x},"\n";
}
}
#print Dumper %genzf;
#print Dumper %moddan;
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por explorer » 2009-03-27 12:06 @546
Lo que he dicho antes... era un problema de los tabuladores...
Si no sabemos el formato del fichero, pues pasan estas cosas.
De lo que muestras deduzco que en el primer mensaje sobran caracteres en blanco. Y del segundo fichero, que hay caracteres en blanco además de tabuladores.
Con esta versión, cambiamos el análisis de tabuladores por espacios en blanco, que es más general:
Para el primer fichero, solo miramos si la línea coincide con el patrón /(ZDB\S+)/, que quiere decir que capture cualquier cosa que empiece por ZDB y le sigan caracteres que no sean caracteres en blanco (\S+).
Para el segundo fichero, primero miramos si empieza por ZDB, y si es así, cortamos la línea en 4 partes que sabemos que están separadas por espacios en blanco.
Ahora que ya sabemos el formato de los ficheros, el programa se hace más corto: los chomp() han desaparecido, el split() se ha simplificado...
Si no sabemos el formato del fichero, pues pasan estas cosas.
De lo que muestras deduzco que en el primer mensaje sobran caracteres en blanco. Y del segundo fichero, que hay caracteres en blanco además de tabuladores.
Con esta versión, cambiamos el análisis de tabuladores por espacios en blanco, que es más general:
Using perl Syntax Highlighting
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
use Data::Dumper;
if (@ARGV != 3) {
die "La linea de ejecución del programa debe ser: ortologos.pl genesZfin.tsv moddanre.txt ortologos.txt\n";
}
my ($fichero_genes, $fichero_moddanre, $fichero_ortologos) = @ARGV;
## Leemos el fichero de genesZfin
my @zfin;
open GENESZFIN,"<$fichero_genes" or die "No puedo abrir el fichero $fichero_genes\n";
while (<GENESZFIN>) {
if (/(ZDB\S+)/) {
push @zfin, $1;
}
}
close GENESZFIN;
print Dumper \@zfin;
## Leemos el fichero moddanre
my %idanimala;
open MODDANRE, "<$fichero_moddanre" or die "No puedo abrir el fichero $fichero_moddanre\n";
while (<MODDANRE>) {
if (/^ZDB/) {
my @moddan = split;
if ($moddan[1] eq '100.00%' and $moddan[3] eq '100.00%') {
$idanimala{$moddan[0]} = join "\t", @moddan;
}
}
}
close MODDANRE;
print Dumper \%idanimala;
## Búsqueda de coincidencias
open ORTOLOGOS, ">$fichero_ortologos" or die "No puedo escribir en $fichero_ortologos: $!\n";
for my $gen (@zfin) {
if ($idanimala{$gen}) {
print ORTOLOGOS $idanimala{$gen}, "\n";
}
}
close ORTOLOGOS;
use strict;
use warnings;
use diagnostics;
use Data::Dumper;
if (@ARGV != 3) {
die "La linea de ejecución del programa debe ser: ortologos.pl genesZfin.tsv moddanre.txt ortologos.txt\n";
}
my ($fichero_genes, $fichero_moddanre, $fichero_ortologos) = @ARGV;
## Leemos el fichero de genesZfin
my @zfin;
open GENESZFIN,"<$fichero_genes" or die "No puedo abrir el fichero $fichero_genes\n";
while (<GENESZFIN>) {
if (/(ZDB\S+)/) {
push @zfin, $1;
}
}
close GENESZFIN;
print Dumper \@zfin;
## Leemos el fichero moddanre
my %idanimala;
open MODDANRE, "<$fichero_moddanre" or die "No puedo abrir el fichero $fichero_moddanre\n";
while (<MODDANRE>) {
if (/^ZDB/) {
my @moddan = split;
if ($moddan[1] eq '100.00%' and $moddan[3] eq '100.00%') {
$idanimala{$moddan[0]} = join "\t", @moddan;
}
}
}
close MODDANRE;
print Dumper \%idanimala;
## Búsqueda de coincidencias
open ORTOLOGOS, ">$fichero_ortologos" or die "No puedo escribir en $fichero_ortologos: $!\n";
for my $gen (@zfin) {
if ($idanimala{$gen}) {
print ORTOLOGOS $idanimala{$gen}, "\n";
}
}
close ORTOLOGOS;
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Para el primer fichero, solo miramos si la línea coincide con el patrón /(ZDB\S+)/, que quiere decir que capture cualquier cosa que empiece por ZDB y le sigan caracteres que no sean caracteres en blanco (\S+).
Para el segundo fichero, primero miramos si empieza por ZDB, y si es así, cortamos la línea en 4 partes que sabemos que están separadas por espacios en blanco.
Ahora que ya sabemos el formato de los ficheros, el programa se hace más corto: los chomp() han desaparecido, el split() se ha simplificado...
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