Foro - Perl en Español

por **marioalbertocer** » 2011-09-22 16:55 @747

Por favor, soy muy novato usando Perl. Solo llevo unas semanas aprendiendo, pero ahora tengo que desarrollar urgente un script que me permita hacer lo siguiente:

Tengo un archivo de texto plano que tiene la siguiente forma:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

> nombre de gen 1

TAGCGATCGATCGACGACTAGCATCAGCTG

CGATGCTGACTGATGCTGATCGATCGTACG

CGTAGCTGATCGTAGCTAGTCGTAGCTGAT

TATCGTAGCT

> nombre de gen 2

GCTGATCGTAGCTAGTCGTAGCTAGTCGAT

ACGTCGTAGCTAGTCGATGCTGATCGTAGT

AGCGATGCTAGTCGATGCTGATCGTAGCTG

TACTCGTGCGACGATGATCG

> nombre de gen 3

TCGATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTAC

TAGCTGATCGTAGCTGTAGCTGATCGTAGG

ATCGTAGCTGATGCTGCTCGTGTGCATGAT

AGTTCGATCTTTGCColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Y quiero ponerlo en esta forma:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using text Syntax Highlighting

> nombre de gen 1

TAGCGATCGATCGACGACTAGCATCAGCTGCGATGCTGACTGATGCTGATCGATCGTACGCGTAGCTGATCGTAGCTAGTCGTAGCTGATTATCGTAGCT

> nombre de gen 2

GCTGATCGTAGCTAGTCGTAGCTAGTCGATACGTCGTAGCTAGTCGATGCTGATCGTAGTAGCGATGCTAGTCGATGCTGATCGTAGCTGTACTCGTGCGACGATGATCG

> nombre de gen 3

TCGATCGTAGCTGATCGTAGCTGATCGTACTAGCTGATCGTAGCTGTAGCTGATCGTAGGATCGTAGCTGATGCTGCTCGTGTGCATGATAGTTCGATCTTTGCColoreado en 0.000 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

(todo en una sola línea)

Esto es algo en lo que he estado pensando, pero no funciona:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
 
$name = 'Acaryochloris marina MBIC11017.ffn';
 
open(ARCHIVOADN, $name);
 
while ($secuencia = <ARCHIVOADN>) {
 
        do {
 
                if ($secuencia =~ /^[ATCG]./) {         
 
                        $secuencia =~ s/\n//g;                  
 
                        $gene.= $secuencia;             
 
                } 
 
        } until ($secuencia =~ />/) {
 
                print "next gene\n\n";
 
        }
 
}
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Por favor, su ayuda sería muy importante para mi.

#!/usr/bin/perl
 
$name = 'Acaryochloris_marina_MBIC11017.ffn';
 
open(ARCHIVOADN, $name);
 
while ($secuencia = <ARCHIVOADN>) {
    chomp $secuencia;                   # Quitamos el fin de línea
 
    if ($secuencia =~ /^>/) {           # Si es comienzo de secuencia...
    
        print "\n"                      # Terminamos la secuencia anterior
            if $. > 1;                  # si no es la primera línea   
 
        print "$secuencia\n";           # Sacamos el nombre de la secuencia
 
        next;                           # Saltamos a la siguiente línea
    }
 
    print $secuencia;                   # Si es parte de la secuencia, la sacamos tal cual
}
 
print "\n";                             # Último avance de línea
 
close ARCHIVOADN;
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **marioalbertocer** » 2011-09-23 01:58 @123

Muchas gracias por tu respuesta, pero ahora tengo otro problema: quisiera saber si haciendo alguna variación al código que escribiste es posible tratar cada secuencia unificada por genes como una sola variable escalar. Es decir, que a partir de la línea 20 del código yo pueda tomar la variable $secuencia para realizar otro procedimiento con ella y ésta tome toda la secuencia unificada por genes y no cada secuencia por separado como en el archivo de entrada.

De antemano muchas gracias por tu ayuda.

por **explorer** » 2011-09-23 06:57 @331

Es que es mejor explicar lo que quieres hacer, desde el principio

Esto es un ejemplo de lo que se puede hacer:

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
use strict;
 
my $name = 'Acaryochloris_marina_MBIC11017.ffn';
 
open(ARCHIVOADN, $name);
 
my $gen;
 
while (my $secuencia = <ARCHIVOADN>) {
    chomp $secuencia;                   # Quitamos el fin de línea
 
    if ($secuencia =~ /^>/) {           # Si es comienzo de secuencia...
    
        procesa_gen($gen)               # Procesamos el $gen
            if $gen;                    # si realmente tenemos uno
 
        print "Procesando $secuencia\n";        # Sacamos el nombre de la secuencia
 
        $gen = '';                      # Inicializamos el gen
 
        next;                           # Saltamos a la siguiente línea
    }
 
    $gen .= $secuencia;                 # Vamos concatenando la secuencia genética
}
 
procesa_gen($gen)                       # Procesamos el último $gen
    if $gen;                            # si realmente tenemos uno
 
print "\n";                             # Último avance de línea
 
close ARCHIVOADN;
 
sub procesa_gen {
    my $gen = shift;
 
    print "[$gen]\n";
}
Coloreado en 0.001 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

por **marioalbertocer** » 2011-09-23 22:43 @988

Muchas gracias. Hasta hace poco incorporé el código que escribiste a uno un poco más grande que tenía antes y logré lo que quería. Ahora solo me queda estudiar un poco lo que hiciste. Me ha sido muy útil.

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