os cuento, tengo una base de datos de mysql llamada "prueba" con dos tablas, en las cuales quiero introducir datos desde un archivo. Para eso he creado un script de Perl que funcionaba perfectamente con postgreSQL, pero con MySQL no me funciona.
el codigo del script es:
- Código: Seleccionar todo
#usr/bin/perl -w
package DBD::mysql;
use DBI;
use strict;
# Prácticas de DBI y bases de datos biológicas
# Script de inserción de entradas en formato SWISSPROT en la base de datos
my($dbhost)='localhost';
my($dbname)='prueba'; # Teneis que introducir el nombre de la base de datos
# que os corresponda
my($dbuser)='root'; # Teneis que poner el nombre que os dé
my($dbpass)='ana'; # Teneis que poner la password que os dé
# Comprobación del número de parámetros
if(scalar(@ARGV)>0) {
local(*INFILE);
my($file,$line);
my($errflag,$dbh);
my(@acc,$id,$lastdate,$description,$sequence,$molw,$accnumber,$ac);
my($readingseq);
my($sthsw,$sthacc);
# Apertura de la conexión con la base de datos
# Establecemos que nosotros manejamos los errores,
# y que vamos a trabajar con transacciones directamente
$dbh = DBI->connect("dbi:mysql:dbname=$dbname;host=$dbhost",
$dbuser,$dbpass,{RaiseError => 0, AutoCommit => 0});
# ¿Se ha podido establecer la conexión?
die "Ha habido un problema al conectar con la base de datos: " . $DBI::errstr unless(defined($dbh));
# Preparación de las operaciones de inserción a realizar repetidamente
# (Debería hacer un chequeo aquí, para comprobar que funcionan)
$sthsw=$dbh->prepare('INSERT INTO SWISSENTRY VALUES (?,?,?,?,?,?)');
$sthacc=$dbh->prepare('INSERT INTO ACCNUMBERS(main_accnumber,accnumber) VALUES (?,?)');
# Procesamiento de cada fichero
foreach $file (@ARGV) {
# Intento de abrir el fichero
if(open(INFILE,$file)) {
print "Procesando fichero $file\n";
# Por seguridad, limpio las variables
@acc=();
$id='';
$lastdate='';
$description='';
$sequence='';
$molw='';
$readingseq=undef;
# Procesamiento del fichero, leyendo línea a línea
while($line=<INFILE>) {
# Lo primero, quitar el salto de línea
chomp($line);
# Detección del final del registro
if($line =~ /^\/\//) {
# Cuando se ha terminado de leer un
# registro hay que proceder a guardar
# los datos en la base de datos
$description=undef if($description eq '');
# Impresión de comprobación
print "ACC: $acc[0] ; ID: $id ; Last: $lastdate\n";
# Ejecuto el resto de inserciones cuando no hay error
if($sthsw->execute($acc[0],$id,$lastdate,$description,$sequence,$molw)) {
foreach $accnumber (@acc) {
unless($sthacc->execute($acc[0],$accnumber)) {
# Ha ocurrido un error de inserción
$errflag=1;
last;
}
}
} else {
# Marco el error si se produce
$errflag=1
}
# ¿Se han podido realizar las inserciones?
if(defined($errflag)) {
warn "Error al insertar: " . $DBI::errstr;
$dbh->rollback();
# No voy a seguir procesando el fichero
last;
} else {
# Una vez guardados los datos, tenemos
# que borrar el contenido de las variables
# para evitar fallos en las iteraciones
@acc=();
$id='';
$lastdate='';
$description='';
$sequence='';
$molw='';
$readingseq=undef;
}
next;
}
# ¿Estoy leyendo una secuencia?
if(defined($readingseq)) {
# Quito todos los espacios intermedios
$line =~ s/\s+//g;
# Y concateno
$sequence .= $line;
# Como no la estoy leyendo, busco los patrones apropiados
} elsif($line =~ /^SQ.+[^0-9](\d+) MW/) {
# Extracción del peso molecular
# y comienzo de secuencia
$molw=$1;
$readingseq=1;
} elsif($line =~ /^ID ([a-zA-Z0-9_]+)/) {
# Identificador
$id = $1;
} elsif($line =~ /^DT (\d{2}-[A-Z]{3}-\d{4}).+annotation update/) {
# Fecha de la última actualización
$lastdate = $1;
} elsif($line =~ /^AC (.+)/) {
# Los accnumber, que pueden estar en varias líneas
$ac=$1;
# Elimino los espacios
$ac =~ s/\s+//g;
# Rompo por los puntos y coma, y
# añado a la lista de accnumber
push(@acc,split(/;/,$ac));
} elsif($line =~ /^DE (.+)/) {
# La descripción, que puede estar en varias líneas
$description .= ' ' if($description ne '');
$description .= $1;
}
}
# Queremos que las inserciones se hagan efectivas
# pero sólo se debe hacer cuando no se ha producido un error
$dbh->commit() unless(defined($errflag));
# Se cierra el fichero procesado
close(INFILE);
} else {
warn "Imposible abrir el fichero $file.";
}
# Detección de error al insertar, para no seguir procesando archivos
last if(defined($errflag));
}
# Por último, se cierra la conexión a la base de datos
$dbh->disconnect();
} else {
die "Debes introducir al menos un parámetro.";
}
al ejecutar en el terminal perl swentry.pl sw-ejemplo.sw me da el siguiente fallo:
install_driver(mysql) failed: Can't locate loadable object for module DBD::mysql
in @INC (@INC contains: C:/Perl/lib C:/Perl/site/lib .) at (eval 4) line 3
Compilation failed in require at (eval 4) line 3.
Perhaps a module that DBD::mysql requires hasn't been fully installed
at swinsert.pl line 29
creo que es porque no tengo instalado DBD:mysql, pero no se como se hace, por favor, necesito ayuda.
muchas gracias.
y mañana veremos si estoy mas fresca y lo soluciono. si alguien encuentra la solucion antes que yo que me lo diga, por favor, porque ya no puedo mas.