Esa pregunta está respondida en el
DBD::ODBC::FAQ, en la pregunta
How do I access a MS SQL Server database from Linux/UNIX?.
Pero quizás es mejor que te dirijas a
esta página donde el autor del módulo
Win32::SqlServer da más pistas.
En concreto, al final de la página da un enlace a una página suya donde explica
cómo conectar con MS SQL Server desde Unix. Exceptuando el apartado dedicado a JDBC, el resto de soluciones son resolubles con Perl.
Si quieres soporte comercial, EasySoft licencia su controlador de ODBC, para Unix, usando el protocolo TDS. Aunque... también existe el FreeTDS (al final de la última página).