Soy una principiante en esto de programación y estoy haciendo un programa para hallar ORF e imprimir las posibles proteínas.
Algunos de los inconvenientes que he tenido son:
* cuando imprimo $proteina me muestra las proteínas juntas y he intentado imprimir el salto cuando encuentra
un codón de parada pero no he sido capaz de hacerlo
*cuando le doy la opción de abrir un archivo con lo impreso, me abre solo las proteínas del primer marco de lectura.
¡¡¡Agradezco su ayuda!!!
Using perl Syntax Highlighting
- #!/usr/bin/perl
- #programa para determinar ORF en una secuencia de DNA
- $secuencia = 'SeqBacillus_DNA.fasta';
- open( SECUENCIA, $secuencia );
- @secuencia = <SECUENCIA>; ####Creación de fichero
- close SECUENCIA;
- my $nuevav = join( "", @secuencia ); #convierto el array en un string
- ###HAY Q TENER VARIAS COSAS EN CUENTA ANTES DE INICIAR, LO PRIMERO ES QUE PARA
- ##DETERMINAR LOS ORF DE UNA SECUENCIA ES NECESARIO BUSCAR EN TODOS LOS MARCOS DE LECTURA DE LAS DOS CADENAS
- ##QUE SERÍAN TRES PARA CADA UNA, ESO QUIERE DECIR QUE HAY QUE BUSCAR LOS ORF POSIBLES INICIANDO EN CUALQUIERA
- ##DE LOS 3 NUCLEÓTIDOS...O SEA PARTIRIAMOS DE UNA POSICIÓN 0 A LA 1 Y LA 2
- #Para los 3 marcos de lectura de la cadea 5'----->3'
- {
- print "Las potenciales proteinas en la cadena complementaria son:\n";
- for my $pos ( 0 .. 2 ) {
- my (@posinicial); ###defino posición inicial y final de los nucleótidos
- my (@posifinal);
- my @orf = hallarorf( $pos, $nuevav, \@posinicial, \@posifinal ); ##defino array para mis variables
- $orf = join( "", @orf ); ###convierto el array en un string
- $proteina = traducir($orf), "\n"; ###defino mi nueva variable que contiene una subrutina para traducir el DNA
- print "$proteina\n";
- print "=" x 60, "\n"; ####me ubica separadores
- open OUTPUT, ">ORFcomp.txt";
- print OUTPUT " $proteina\n";
- close OUTPUT;
- }
- }
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