Foro - Perl en Español

por **lalou28** » 2011-09-09 21:17 @928

¡¡¡Hola!!!
Soy una principiante en esto de programación y estoy haciendo un programa para hallar ORF e imprimir las posibles proteínas.

Algunos de los inconvenientes que he tenido son:

* cuando imprimo $proteina me muestra las proteínas juntas y he intentado imprimir el salto cuando encuentra
un codón de parada pero no he sido capaz de hacerlo
*cuando le doy la opción de abrir un archivo con lo impreso, me abre solo las proteínas del primer marco de lectura.

¡¡¡Agradezco su ayuda!!!

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
 
#programa para determinar ORF en una secuencia de DNA
$secuencia = 'SeqBacillus_DNA.fasta';
open( SECUENCIA, $secuencia );
@secuencia = <SECUENCIA>;              ####Creación de fichero
close SECUENCIA;
 
my $nuevav = join( "", @secuencia );   #convierto el array en un string
 
###HAY Q TENER VARIAS COSAS EN CUENTA ANTES DE INICIAR, LO PRIMERO ES QUE PARA
##DETERMINAR LOS ORF DE UNA SECUENCIA ES NECESARIO BUSCAR EN TODOS LOS MARCOS DE LECTURA DE LAS DOS CADENAS
##QUE SERÍAN TRES PARA CADA UNA, ESO QUIERE DECIR QUE HAY QUE BUSCAR LOS ORF POSIBLES INICIANDO EN CUALQUIERA
##DE LOS 3 NUCLEÓTIDOS...O SEA PARTIRIAMOS DE UNA POSICIÓN 0 A LA 1 Y LA 2
 
#Para los 3 marcos de lectura de la cadea 5'----->3'
 
{
    print "Las potenciales proteinas en la cadena complementaria son:\n";
 
    for my $pos ( 0 .. 2 ) {
 
        my (@posinicial);              ###defino posición inicial y final de los nucleótidos
        my (@posifinal);
 
        my @orf = hallarorf( $pos, $nuevav, \@posinicial, \@posifinal );    ##defino array para mis variables
 
        $orf = join( "", @orf );       ###convierto el array en un string
 
        $proteina = traducir($orf), "\n";    ###defino mi nueva variable que contiene una subrutina para traducir el DNA
 
        print "$proteina\n";
        print "=" x 60, "\n";          ####me ubica separadores
 
        open OUTPUT, ">ORFcomp.txt";
        print OUTPUT " $proteina\n";
        close OUTPUT;
 
    }
 
}
 
Coloreado en 0.004 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Bienvenida a los foros de Perl en español, lalou28.

Yo veo que en la línea 36 se imprime la $proteina seguida de una carácter de fin de línea, así que el fichero se está guardando con las proteínas separadas, una por fila.

De la otra pregunta no podemos decirte nada, porque no sabemos qué es lo que hace hallarorf(). Además, a esa subrutina le estás pasando las referencias a @posinicial y @posfinal, pero luego no haces nada con ellas.

¿Este código lo has hecho tu?

Podría ser que hallarorf() devuelva una lista con todos los ORF encontrados. Entonces, el problema está en la línea 28, ya que les estás uniendo en una sola cadena de caracteres, y por eso, $proteina, solo consta de una sola cadena, y salen todos los ORF juntos.

Si quieres los ORF separados, deberás hacer un bucle por cada uno de los elementos de @orf.

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