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Con el módulo Spreadsheet::WriteExcel puedes definir rangos de celdas combinadas con la función merge_range().

Volviendo a leer con calma la cuestión, parece que el problema está en algún formato extraño de las celdas combinadas. Es posible que los módulos de Perl no sean capaces de reconocer todos los formatos de la hoja. Ten en cuenta que Microsoft ha cambiado de formato en cada versión de Excel, y además, no suele publicar esos formatos.

Yo lo que intentaría hacer es, primero, intentar leer todo el contenido de la hoja, con ParseExcel u otro módulo como Spreadsheet::Read. Si consigo leer toda la información, entonces seré capaz de crear una nueva hoja con WriteExcel, añadiendo o modificando información.

No hay garantías, a la hora de leer, que seas capaz de acceder a toda la información, si Excel ha usado algún formato nuevo. Y a la hora de escribir, lo mismo, no cuentas con todos los formatos posibles de las últimas versiones.

Es lo que tiene trabajar con formatos propietarios y cerrados. Por eso se usa más el formato OpenDocument.

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