Foro - Perl en Español

por **wampaier** » 2010-11-08 13:31 @605

¿Qué tal...? Tengo una duda... Tengo un archivo multifasta con más de 10.000 secuencias y quiero ejecutar un programa que se llama "sixpack" pero solo me deja introducir una sola secuencia... con su respectiva salida.

¿Cómo podría hacerle con un código en Perl para poder meter las 10.000 secuencias pero que cada vez que encuentre un ">" vuelva a ejecutar el programa y la salida también tenga otro nombre?

Gracias

Te vale con meter, en el bucle de lectura del fichero FASTA, una llamada a system(), en donde llamarás al sixpack, pasándole la secuencia en un fichero externo (no he encontrado la forma de pasarle la secuencia de forma directa en la línea de comandos).

También debes indicar el fichero de salida y, sobre todo, no te olvides de indicar la opción --auto, para que el programa no realice ninguna pregunta y trabaje solo con lo que se le pase por la línea de comandos.

por **wampaier** » 2010-11-08 15:21 @681

Disculpa... ¿¿¿me puedes poner un ejemplo po-favor...??? Si no es mucha molestia

¡¡Gracias!!

por **pvaldes** » 2011-01-27 09:36 @442

Probablemente algo tipo:

system('/path/a/sixpack -auto fichero_externo')

Consulta el manual de sixpack

por **gonzalipto** » 2011-04-18 09:26 @434

Hola. Mira, yo justamente hace poco trabajé procesando archivos multifasta.

Te recomiendo mil veces trabajar con el módulo BioPerl, ya que trae módulos que están específicamente diseñados para trabajar con secuencias y estructuras.

A BioPerl lo bajas desde esta página: http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page y podes encontrar cómo instalarlo en varias plataformas.

Yo uso un script de esta forma para leer los multifasta.

Sintáxis: [ Descargar ] [ Ocultar ]

Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl -w
use Bio::SeqIO;                        #librería de bioperl para trabajar con secuencias
my $input = "archivo.fas";
my $entrada = Bio::SeqIO->new( -file => $input2, -format => 'fasta' )
    ;                                  #con esto cargo el archivo fasta entero dentro de $entrada
 
#ahora voy a leer con un while cada secuencia dentro del multifasta
while ( my $sequencia = $entrada->next_seq() ) {
    my $id            = $sequencia->display_id; #obtengo el id de mi secuencia
    my $search_string = uc( $sequencia->seq )
        ;                              #obtengo la secuencia en un formato adecuado (buscar más info sobre uc)
 
    # de aquí en más puedo trabajar la secuencia como si fuera un string
}
 
Coloreado en 0.002 segundos,  usando GeSHi 1.0.8.4

Espero que te haya servido

Saludos

Gonza

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Ejecutar un programa externo de forma repetida

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