Aunque Perl es suficiente para resolver prácticamente todos problemas diarios, eso no quita para que podamos aprender otros lenguajes que nos pueden resultar útiles, como el Bash Shell o el awk (que es aún más sencillo que Perl).
Si os enseñan Perl es con la finalidad de que uséis más adelante el paquete de módulos
BioPerl, que es el que se usa a nivel profesional.
Y si no quieres aprender otros lenguajes, sí que merece, y mucho, la pena, aprender teoría informática (algoritmos, estructuras de datos...)
En cuanto a las preguntas,
1.- No, no lo sabe. Es el bucle for() el que le va dando los números
2.- Es una estructura básica de control de flujo, presente en casi todos los lenguajes informáticos. Más información -en tu propio ordenador- en
perldoc perlsyn (
Web) (
traducido), en la sección
Bucles for.
3.- Pues sí, porque un for() es un while() al que se le ha añadido una variable que hace de contador