HOLA:
Estoy trabajando con un fichero en formato fasta del que tengo que extraer los ORF posibles de dicho fichero por los posibles marcos de lectura. Mi problema es que obtengo las secuencias pero al compararlo con el programa getorf veo que me faltan la última secuencia con su cabecera de la cadena normal y de la inversa.
No sé que hacer para que salga ya que aunque supongo que es un error de contadores no logró sacarlo.
Por favor, si alguien puede ayudarme se lo agradecería ya que estoy un poco desesperada.
GRACIAS.
UN SALUDO.
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EMBOSS
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Publicidad
por explorer » 2008-07-17 06:26 @309
Bienvenida a los foros de Perl en Español, loyvi.
Según la pregunta 4.1 del FAQ de BioPerl, eso se debería realizar con algunas de las utilidades del paquete EMBOSS. O usar el interfaz de BioPerl Bio::Factory::EMBOSS.
Sería recomendable que te apuntaras a alguna de las listas de correo de BioPerl. También hay foros específicos.
Si el problema que planteas se puede resolver desde puro Perl, no dudes en plantearlo con algún ejemplo y/o código, para que te podamos ayudar.
En el foro básico hay otra pregunta con relación al formato FASTA.
Según la pregunta 4.1 del FAQ de BioPerl, eso se debería realizar con algunas de las utilidades del paquete EMBOSS. O usar el interfaz de BioPerl Bio::Factory::EMBOSS.
Sería recomendable que te apuntaras a alguna de las listas de correo de BioPerl. También hay foros específicos.
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