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millen · 2012-01-26 05:31 @271

Hola, buenos días. Al ejecutar el programa me da este error y no sé por qué. ¿Alguien me podría decir algo? Muchas Gracias.

Este es el error:

DBD::Pg::st execute failed: ERROR: permiso denegado a la relación fasta at fastaparser.pl line 71, <$FH> line 1.
Can't call method "commit" on an undefined value at fastaparser.pl line 76, <$FH> line 1.
Issuing rollback() due to DESTROY without explicit disconnect() of DBD::Pg::db handle dbname=trabajo;host=localhost;port=5432 at fastaparser.pl line 76.

Os dejo el código y la tabla:

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Using perl Syntax Highlighting

#!/usr/bin/perl
 
use strict;
use DBI;
 
my($dbhost)='localhost';
my($dbname)='trabajo';  
my($dbuser)='usuario';  
my($dbpass)='usuario';
 
my $DOINSERT = 1;
 
if(scalar(@ARGV)>0) {
        # ¿Vamos a testear el parseado o a insertar?
        if($ARGV[0] eq '-t') {
                shift(@ARGV);
                $DOINSERT=undef;
        }
        # Ahora, a procesar los ficheros a cargar en la base de datos
        if(scalar(@ARGV)>0) {
                
                my $dbh = undef;
                my $fastaEntry = undef;
                
                if(defined($DOINSERT)) {
                        # Inicializar conexión a la base de datos
                        my $dbh = DBI->connect("dbi:Pg:dbname=$dbname;host=$dbhost;port=5432",
                                                $dbuser,$dbpass,{RaiseError => 0, AutoCommit => 0});
                        
                        # ¿Se ha podido establecer la conexión?
                        die "Ha habido un problema al conectar con la base de datos: " . $DBI::errstr  unless(defined($dbh));
 
                        $fastaEntry = $dbh -> prepare("INSERT INTO fasta  VALUES (?,?,?,?)");
                }
                
                #Además de poder conectarnos, tenemos ficheros de entrada ?
                foreach my $file (@ARGV) {
                        my $errflag = undef;
                        my($FH);
                        # Abre el fichero, si no está comprimido
                        my $retval;
                        if($file =~ /\.gz$/) {
                                $retval = open($FH,"gunzip -c $file |");
                        } else {
                                $retval = open($FH,$file);
                        }
                        
                        # ¿Hemos abierto el fichero?
                        if(defined($retval)) {
                                my $line;
                                
                                my $id = undef;         
                                my $locus = undef;
                                my $description = undef;
                                my $name = undef;
 
                                while($line=<$FH>) {
                                        chomp($line);
 
                                        if($line =~ /^>(\d+)\s(\w+_\d+)\s(.+|\s+)\s\[(.+?)\]/ ){                                
                                                $id = $1;
                                                $locus = $2;
                                                $description = $3;
                                                $name = $4;                                             
 
                                        }
 
                                        if(defined($id) && defined($locus) && defined ($description) && defined($name)){
 
                                                if(defined($DOINSERT)){
                                                        $fastaEntry -> execute($id, $locus, $description, $name);
                                                        if(defined($errflag)) {
                                                                warn "Error al insertar: " . $DBI::errstr;
                                                                $dbh -> rollback();
                                                        } else {
                                                                $dbh -> commit();
                                                        }
 
                                                } else {
                                                        # Simulación, sólo muestra lo que guardaría
                                                        print "TEST: ", $id , "\t", $locus , "\t", $description, "\t", $name, "\n";
 
                                                }
 
                                                $id = undef;
                                                $locus = undef;
                                                $description = undef;
                                                $name = undef; 
 
                                        }
 
                                } # Fin del while. Alcanzado el fin de un fichero.      
                        }else{
                                die "ERROR: No se ha podido abrir el fichero\n";
                        }                       
                        close($FH);
                }
        } else {
                die "ERROR: Este programa parsea ficheros del Pfam. Pásame al menos uno, colega\n";
        }
} else {
        die "ERROR: Este programa parsea ficheros del Pfam.\n";
};

La tabla:

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Using sql Syntax Highlighting

CREATE TABLE fasta(
        id              VARCHAR NOT NULL,
        locus           VARCHAR,
        description     VARCHAR,
        name            VARCHAR,
        PRIMARY KEY(id)         
);

explorer · 2012-01-26 07:58 @374

El error dice que el usuario 'usuario' no tiene permiso para hacer el 'INSERT' en la base de datos.

Necesitas hacer algo parecido a

GRANT INPUT ON 'trabajo' TO 'usuario';

en la base de datos (o usar algún interfaz gráfico que dialogue con el PostgreSQL, y le cambias los permisos a la base de datos).

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